Sejak ditandatangani Traktat London, Belanda menguasai Benteng Marlborough dan wilayah Bengkulu. Di bawah pemerintahan Belanda Benteng Marlborough bukan menjadi pusat pemerintahan seperti waktu di bawah kekuasaan Inggris. Wilayah Bengkulu hanya dipimpin asisten resident di bawah Padang, walaupun benteng masih berfungsi sebagai kantor dagang, gudang penyimpanan rempah dan barak pasukan Belanda.
Pada masa pemerintahan Belanda, Belanda lebih berkonsentrasi di daerah Redjang Lebong dengan penambangan emasnya. Salah satu catatan penting dalan sejarah Belanda di Bengkulu adalah peristiwa “Soekarno di benteng Marlborough”, Residen Belanda C.E. Maier sebagai wakil pemerintahan Hindia belanda saat itu mengundang Bung Karno ke Benteng Marlborough. Bung Karno diminta untuk merancang sebuah tugu peringatan penyerangan Jerman ke Belanda, Namun secara simbolik Bung Karno menolak dengan menyusun tiga buah batu sebagai rancangan tugu peringatan tersebut.