Terowongan Wilhelmina terletak di Jalan Pantai Karapyak, Desa Emplak, Kecamatan Kalipucang, Kabupaten Pangandaran. Akses menuju terowongan sangat curam dan terjal, berupa jalan setapak yang licin jika hujan. Lingkungan di sekitar Terowongan Wilhelmina berupa hutan Abasia dan semak-semak.
Mulut terowongan berada di timur laut dan barat daya, membentuk garis lurus. Pada mulut terowongan sisi timur laut terdapat tulisan 165A pada dinding terowongan. Belum diketahui apa makna tulisan tersebut. Lebar terowongan 826 cm, lebar mulut terowongan 400 cm, tinggi 450 cm. Jarak antara mulut terowongan timur laut dengan barat daya sepanjang 1.127,1 m. Di dalam terowongan terdapat 21 ceruk pada dinding sisi utara.
Lantai terowongan berupa tanah perkerasan dengan batu koral, di kanan dan kiri terdapat saluran air. Permukaan dinding terowongan bagian dalam diplester dengan semen hanya pada bagian di mulut terowongan, selebihnya dibiarkan tanpa plesteran.