Secara administratif Klenteng Boen San Bio terletak di Jalan K.S. Tubun No. 43 Desa Pasar Baru, Kota Tangerang. Bangunan tersebut berbatasan dengan pemukiman Kampung Koang Jaya di sebelah barat, utara dan timur, serta Jalan Aipda Karel Sasuit Tubun di sebelah selatan.
Klenteng Boen San Bio dibangun pada tahun 1689 oleh seorang pedagang asal Tiongkok yang bernama Lim Tau Koen. Pembangunan klenteng ini dimaksudkan untuk menempatkan patung Kim Sin Khongco Hok Tek Tjeng Sin yang berasal dari Banten. Bangunan awalnya berasal dari bambu dan kayu berupa dinding anyaman bambu, adapun atap dari daun rumbia. Ukuran bangunan pada awalnya tidak seluas sekarang.
Pada awalnya pengunjung klenteng ini sebagian besar berasal dari pedagang Tionghoa yang tinggal di sekitar Pasar Baru. Sekitar 10 tahun kemudian, berdirilah perkumpulan Boen San Bio yang merupakan cikal bakal berdirinya Vihara Nimmala.
Bangunan klenteng ini memiliki luas tanah 4.650 m² yang terbagi dalam beberapa bagian, yakni bagian depan, tengah dan belakang. Bagian depan bangunan digunakan sebagai ruangan pemujaan. Pada ruang pemujaan ini dewa yang diutamakan adalah Dewa Bumi (Khongco Hok Tek Jeng Sin). Pada sisi kanan kiri ruang pemujaan utama terdapat ruang pemujaan dewa-dewa dan leluhur. Bagian depan bangunan raya akan hiasan dengan warna dominan merah. Di ruangan depan ini terdapat delapan tiang yang dihias dengan motif buah-buahan dan tokoh hewan. Selain itu, terdapat pula lampion yang diperoleh dari donatur. Bagian tengah ruangan terdapat aula, ruang pendidikan dan beberapa altar pemujaan. Adapun di bagian belakang terdapat beberapa ruangan, yaitu Ruang Dhammasala, Pendapa Pecun, Patilasan Mbah Raden Suryakencana, dan kantin. Ruang Dhammasala terletak di sebelah timur Pendapa Pecun. Di sisi kiri pintu masuk terdapat patung Dewi Kwan Im Pou Sat dengan tinggi sekitar 3 m. Di dalam ruangan terdapat Rupang Buddha dengan tinggi ± 3,5 m. Di Pendopo Pecun, yang berada di sebelah barat Ruang Dhammasala, terdapat sepasang perahu naga yang berwarna merah dan kuning. Perahu tersebut merupakan sumbangan dari seorang tuan tanah. Patilasan Mbah Raden Suryakencana berada di sebelah barat Pendapa Pecun. Awalnya petilasan tersebut berada di tepi sungai depan klenteng. Dikarenakan adanya pelebaran jalan maka bangunan petilasan dipindahkan ke dalam klenteng.