Secara administratif, Candi Bubrah terletak di Dukuh Bener, Desa Bugisan, Kecamatan Prambanan, Kabupaten Klaten. Candi Bubrah juga masih masuk Kawasan Prambanan. Candi Bubrah yang terbuat dari batu andesit, berdenah persegi panjang, dan berukuran 12×12 meter itu sudah sangat rusak saat ditemukan. Candi hanya tersisa reruntuhan setinggi dua meter. Itu sebabnya masyarakat menyebutnya sebagai Candi Bubrah.
Pendirian Candi Bubrah diyakini semasa dengan Candi Sewu dan Candi Lumbung, ketiganya menjadi satu kesatuan mandala bercorak Budhist. Komplek tempat pemujaan ini dibangun Rakai Panangkaran yang disebut sebagai Syailendra Wangsa Tilaka, atau mutiara keluarga Syailendra.
Rakai Panangkaran adalah pemimpin dinasti Syailendra yang berpindah agama, dari semula Siwa (Hindu). Ia diperintahkan ayahandanya untuk menjadi Budha, dan ia memang jadi seorang Budhist yang amat taat. Rakai Panangkaran pula yang membangun Candi Kalasan, persembahan untuk Dewi Tara. Selain itu pula dibangun Candi Sari dan Candi Sewu. Namun saat semua bangunan suci itu paripurna, Rakai Panangkaran sudah wafat. Peresmian dilakukan penggantinya, Rakai Panaraban. Candi Bubrah merupakan bangunan tunggal menghadap ke timur, sama halnya dengan komplek Candi Prambanan yang juga menghadap ke timur.
Bangunan terkesan tinggi ramping dengan atap stupa menjadi simbol Gunung Meru. Susunan stupa induk merujuk konsep pantheon dalam agama Budha. Satu stupa dikelilingi delapan stupa, kemudian dikelilingi 16 stupa. Bagian luar tubuh candi ada relung-relung berisi arca Dhyani Buddha. Relung utara berisi Dhyani Buddha Amogasiddhi menghadap utara. Relung barat Dhyani Buddha Amitabha. Relung selatan berisi arca Dhyani Buddha Ratnasambhawa. Sedangkan sisi timur relungnya berisi arca Dhyani Buddha Aksobhya. Perbedaan di antara arca Dhyani Buddha itu ada salah satunya pada posisi duduk dan tangannya. Candi Bubrah seperti dikutip dari laporan Purna Pugar Candi Bubrah terbitan BPCB Jateng, memiliki keunikan yang tidak dimiliki candi-candi Buddha lainnya. Antara lain, motif hiasan taman teratai yang mengisi lapik di bawah padmasina pada Dhyani Buddha.
Candi Bubrah seperti dikutip dari laporan Purna Pugar Candi Bubrah terbitan BPCB Jateng, memiliki keunikan yang tidak dimiliki candi-candi Buddha lainnya. Antara lain, motif hiasan taman teratai yang mengisi lapik di bawah padmasana pada Dhyani Buddha. Motif hias juga menghisi bidang lain pada kaki, tubuh, atap, dan pagar langkan. Satu motif hias yang khas Candi Bubrah adalah hiasan ceplok bunga yang mengisi pagar langkan sisi luar.
Meski sudah tidak lengkap, masih dapat dirunut gambaran keindahannya pada masa dulu. Motif hiasan ini pula yang kini dijadikan motif batik khas Candi Bubrah, dan diproduksi warga sekitar untuk suvenir. Hiasan menarik lain juga terlihat di jaladwara, yang berfungsi sebagai saluran buang air (drainase). Jaladwara digambarkan berbentuk makhluk bergigi taring, memiliki belalai, bersurai serta bergelung dalam posisi membuka mulut.
Secara filosofis simbolik, Candi Bubrah ini memiliki keunikan yang tidak dimiliki candi manapun dan ada di kitab manapun. Yaitu simbolisasi dua konsep mandala, Vajradhatu Mandala dan Garbhadhatu Mandala. Konsep ini dalam khasanah Hindu dikenal dengan Lingga dan Yoni, yang melambangkan maskulinitas dan feminimitas. Perlambang kehidupan semesta yang selalu diwarnai dua hal.
Konsep Vajradatu diwakili kehadiran arca Dhyani Buddha dari empat arah mata angin. Sedangkan Garbhadhatu diwakili altar dan relung untuk Tri Ratna. Sebuah penggambaran teratai dengan 16 kelopak perlambang 16 Boddhisattwa utama. Penyatuan dua konsep mandala di satu bangunan ini menimbulkan berbagai intrepretasi. Namun diyakini visualisasi konsep itu merupakan perwujudan Yab Yum, dewa dewi yang dianggap wujud Adi Buddha. Yab Yum berasal dari bahasa Tibet, yang Yab artinya ayah yang agung, sedang Yum ibu yang agung. Dengan kata lain, merekalah orang tua semesta,asal muasal semua kehidupan di dunia.
Sebagai satu kesatuan mandala Buddha, sekarang bisa diintretpretasikan tahap ritual keagamaan pada masa kuno diawali di Candi Sewu sebagai perlambang konsep Vajradhatu Mandala. Sesudah itu ritual dilanjutkan ke Candi Lumbung yang jadi perlambang konsep Garbhadhatu Mandala. Upacara akan diakhiri di Candi Bubrah, yang di candi ini melambangkan penyatuan dua komponen semesta.
