Johan Duyfjes lahir pada 19 Juni 1906, saat ayahnya bekerja di Paramaribo, Suriname, sebagai geolog. Ia mengikuti jejak ayahnya dan memperoleh gelar sarjana geologi dari Universitas Teknik Delft di Belanda, yang adalah juga almamater ayahnya.
Setelah lulus di tahun 1931, Duyfjes meninggalkan Belanda dan mulai bekerja di Jawatan Geologi Hindia Belanda. Sekira tiga tahun sejak ia bergabung di Jawatan Geologi, depresi ekonomi melanda dunia. Banyak koleganya di Jawatan Geologi yang diberhentikan. Pemerintah Hindia Belanda kemudian memilih untuk hanya memetakan lokasi yang menguntungkan. Dalam surat kepada keluarganya di Belanda tahun 1934 (satu dari ratusan surat yang dia kirim selama di Hindia Belanda), Duyfjes menggambarkan situasi yang membuatnya frustrasi kala itu: “Program survey hanya dijalankan jika ada keuntungan ekonominya. Kerjaku di wilayah Kendeng masih bisa berjalan hanya karena kami mencari ladang minyak di wilayah ini, ada banyak lapisan tanah mengandung fosil yang jadi panduan. Masih mungkin bagiku mengikuti lapisan-lapisan yang sangat panjang ini, walaupun aku harus berkeringat, berdarah, dan tidak tidur.”
Dari ratusan lokasi yang direncana oleh Oppenoorth, kepala Jawatan Geologi waktu itu, untuk dipetakan, akhirnya hanya belasan bisa diselesaikan dan dipublikasikan. Empat di antaranya adalah kontribusi Duyfjes, yang masih terus melakukan pemetaan hingga akhir 1930-an. Kiprah Duyfjes di Hindia Belanda terhenti saat Perang Dunia II berlangsung dan Jepang menginvasi nusantara. Ia ditangkap tentara Jepang dan diasingkan ke Tarsao, Thailand. Tak lama berada dalam tawanan, dalam usia 37 tahun, Duyfjes meninggal dunia pada 7 Agustus 1943. Jasadnya dimakamkan di pekuburan para korban perang di Kanchanabury, Thailand. Sumber: Museum Manusia Purba Klaster Ngebung