Pulau Morotai adalah bagian dari sejarah Perang Dunia II yang awalnya diduduki oleh Jepang yang mendarat di Pulau Morotai pada tahun 1942. Lalu direbut oleh Amerika Serikat pada September 1944.
Selama Perang Dunia II berlangsung, pasukan Sekutu terus menempati Morotai hingga akhirnya Jepang menyerah tahun 1945 dan pasukan sekutu meninggalkan Pulau Morotai. Sebelum meninggalkan Pulau Morotai, pasukan sekutu membakar semua bangunan yang mereka dirikan dan menyisakan beberapa peralatan perangnya termasuk beberapa bangkai pesawat, mobil jeep dan truk yang sengaja ditenggelamkan di bawah laut.
