Benteng Hollandia didirikan di pulau Lonthoir/Banda Besar. Dibuat pada tahun 1642 berhadapan dengan rumah Gubernur Jenderal VOC (Istana Mini) di Neira. Awalnya benteng ini bernama Fort Lonthoir. Kemudian nama ini diubah oleh Pieter Vlak menjadi Fort Hollandia. Benteng itu dibangun untuk mengendalikan lalu lintas laut yang melintas selat antara Naira dan Lonthoir, terutama untuk memonitor aktivitas perdagangan pala di jalur laut lonthoir dan neira.
Secara umum bangunan benteng Holandia dibangun dari susunan batu andesit, batu karang dan juga bata. Beberapa bagian bangunan masih menampakkan dulunya banguan ini diplester dengan bubuk kapur. Bahan banguna tersebut hampir semuanya terdapat di lingkungan setempat. Untuk jenis bahan bata tampaknya baru digunakan kemudian, karena hanya digunakan pada beberapa bagian. Bata mulai diproduksi sekitar tahun 1750-an terutama dari pulau Rozengain.
Benteng Hollandia atau benteng Lonthoir berbetuk persegi dengan tambahan bastion disetiap sudutnya. Sesuai kegunaannya untuk memantau pergerakan musuh, sehingga pada setiap bastion dilengkapi ruang pengintai (rondelle) berbentuk tabung yang keletakannya berada di sudut terluar bastion. Benteng dengan arah hadap utara ini memiliki sebuah gerbang (main entrance) berbentuk arch (lengkung) serta terowongan berkonstruksi barrel vault (perpanjangan arch) yang menghubungkan interior dan eksterior benteng.
Benteng dengan luasan 450 m² ini dibangun dari susunan batu andesit, batu karang, dan bata merah yang direkatkan menggunakan kalero (bubuk batu karang yang dihasilkan melalui proses pembakaran), serta tambahan batu ekspos (kotak) pada dinding terluar bastion. Susunan batuan tersebut kemudian ditutupi menggunakan plesteran kalero, sedangkan pada dinding terluar bastion, batuan tersebut dibiarkan terekspos (tidak menggunakan plesteran).
Kondisi benteng kini dalam keadaan rusak dan menyisakan gerbang (main entrance), ruang di bawah bastion barat laut, bastion sisi barat laut dan timur laut, serta 3 sisi dinding (utara, selatan, dan barat) dengan tingkat kerusakan tetinggi (hancur) pada dinding sisi barat dan bastion timur laut. Sedangkan dinding sisi timur serta bastion barat daya dan tenggara telah hilang.
