Potensi Cagar Budaya di Pulau Gunung Api masih tersisa walaupun tak sebanyak di Naira dan Banda Besar. Pulau Gunung Api, dinamakan demikian karena pulau ini merupakan sebuah gunung api dengan ketinggian 656 m. Sebagai salah satu lokasi perkebunan pala VOC, Pulau Gunung Api seharunya memiliki banyak perk (rumah pala), hanya saja akibat letusan gunung api dan tidak terawatnya lingkungan menyebabkan perk-perk tersebut hilang. Adapun tinggalan arkeologis yang masih dapat disaksikan adalah :
- Benteng Kota
Nama asli benteng ini Kijk In Den Pot, dibangun oleh Van der Vliet tahun 1664 untuk mengawasi dan mengintai lalu lintas kapal di sekitar Gunung Api dan Pulau Banda Besar. Berada tepat di Gunung Api di sisi barat. Tahun 1683 benteng ini mengalami kerusakan berat akibat gempa bumi dan dibangun ulang dalam bentuk setengah lingkaran. Tahun 1762 direstorasi lagi oleh Gideon Dulez. Karena dipandang tidak memadai maka pada tahun 1769 sebuah meriam dipindah ke Fort Hollandia, menyadari pentingnya keberadaan meriam di benteng ini, maka beberapa meriam ditempatkan kembali di benteng ini pada tahun 1780. Kondisi bangunan sudah rusak parah dan dinding ditumbuhi oleh tumbuhan berbatang keras dan semak belukar. Dari pengamatan lapangan dihasilkan gambar benteng yang berbentuk busur dengan bagian lengkung menghadap laut (barat daya). Pada bagian lengkung busur terdapat lubang meriam sejumlah 13 buah dengan ukuran 140 cm di bagian dalam dan 235 cm di bagian luar.
Di dinding garis lurus busur (timur laut) terdapat pintu masuk. Di bagian timur laut ini diperlukan pengkajian lebih dalam karena ditemukan struktur pondasi yang mengarah ke luar (timur laut). Hal ini juga diperkuat dengan adanya lobang-lobang bekas kayu di dinding sebelah utara pintu masuk. Untuk menuju benteng ini, dari pantai terdapat reruntuhan anak tangga yang menurut informasi merupakan bagian dari bangunan tersebut.
- Batterij De koop
Pada akhir abad ke-18, Gubernur Francois Boekholtz membangun beberapa pertahanan kecil yang Batavia, Sibergsburg dan De Kop. Berdasarkan daftar register, terdapat 2 (dua) buah batterij di Pulau Gunung Api, yaitu Batterij Batavia dan Batterij Siebensburg. Pada saat tim melakukan pendataan di lapangan, hanya menemukan satu buah batterij. Namun, berdasarkan foto yang dibuat Belanda, maka bangunan yang diinventarisasi oleh Tim adalah Benteng De Koop. Bangunan berbentuk persegi ini dalam kondisi yang rusak parah
