Gereja ini dibangun oleh Belanda dan masyarakat lokal pada masa kepemimpinan Raja Sila yang bernama Djouw Louwis Pati Sila pada 28 Maret 1715 dan selesai pada tahun 1719. Hal tersebut sesuai dengan prasasti yang tertempel di samping pintu masuk gereja. Melihat keikutsertaan masyarakat dalam membangun gereja, diperkirakan agama Kristen Protestan di Pulau Nusa Laut diterima dengan baik oleh masyarakat lokal.
Pada mulanya, bangunan gereja ini memakai atap dari bahan rumbia, namun pada foto Belanda tahun 1715, atap gereja sudah digantikan dengan seng. Pada gambar tersebut juga terdapat penambahan pintu gerbang serta menara loceng di sisi kiri dari pintu masuk gereja.
Terdapat dua buah prasasti yang tertempel di dinding sebelah kanan pintu masuk, prasasti tersebut berisikan informasi mengenai sejarah pembangunan gereja tersebut. Kemudian ditemukan juga sebuah kayu menyerupai mahkota raja atau biasa disebut petarana raja. Tiap-tiap gereja tua di Maluku, biasanya memiliki mahkota tersebut dan ditempatkan di kursi khusus yang diperuntukkan bagi raja negeri saat beribadah.
