Gereja Bethesda didirikan pada tanggal 25 September 1927 dengan arsitek J. Lokollo. Bangunan ini bergaya arsitektur Eropa dengan ciri-ciri dinding bangunan tinggi dan beratap curam. Bentuknya persegi panjang dengan atap genteng. Menghadap ke arah barat. Terbuat dari tembok bata yang dihias dengan disain batu-batu pada dinding bagian bawah.
Untuk masuk ke bangunan ini harus melalui tangga dengan 3 buah undakan. Bagian serambi ditopang oleh 2 buah tiang segi empat yang terbuat dari semen. Pintu masuknya berdaun ganda yang dilengkapi dengan simbol tanda salib. Di sebelah kanan pintu terdapat tulisan ”25-9-1927 – Ontwerp – J. Lokollo”.
Pada bagian samping terdapat 3 buah jendela kaca berdaun ganda dengan ventilasi kayu horizontal di atasnya. Antar jendela diberi sekat-sekat sebagai hiasan dekorasi. Bagian belakang bangunan dibentuk persegi lima yang dilengkapi dengan sebuah pintu dan 3 buah jendela kaca. Tegelnya berwarna hijau berukuran 20 x 20 cm.