Bangunan ini juga ditemukan di sektor I. Bahan bangunan II batu putih yang dibentuk balok dan tidak beraturan. Lapisan susunan batu yang tersisa bervariasi antara 1 hingga 2 lapis. Denah bangunan berbentuk segi empat berukuran 2,65×2,95 meter. Di tengah bangunan terdapat sebuah batu laterit berbentuk lonjong yang menonjol keatas setinggi 40 cm yang menyerupai menhir atau lingga (lambang dewa Syiwa).
Bagian atas batu ”lingga” berwarna hitam, sedangkan di bawahnya berwarna merah. Di sebelah utara ”lingga” tepatnya di tepi bangunan terdapat sebuah batu padas berbentuk saluran menyerupai cerat yoni(lambang dewi Parwati). Bangunan II berada di atas lapisan tanah yang mengandung terak besi bercampur arang yang berasal dari abad ke-6. Dengan demikian, bangunan II paling tua didirikan pada abad ke-6.
