Candi Kedaton merupakan salah satu candi yang terdapat di Kawasan Cagar Budaya Muarajambi. Sampai saat ini, kompleks Candi Kedaton diketahui merupakan yang terluas diantara candi-candi lain yang ada di Muarajambi dengan luas lahan mencapai 43.000 m^².

Candi  Kedaton menghadap arah utara, dengan gapura utama berada di sebelah utara candi induk. Candi induk berukuran 26,10 x 26,10 meter dan tinggi 5,95 m. Bagian dalam bangunan terisi batu kerakal dari jenis kuarsa, obsidian, kaldeson, andesit, dan konglomerat.

Dari hasil pemugaran yang dilakukan sejak tahun 2009, diketahui bahwa di Candi Kedaton terdapat halaman-halaman yang dipisahkan oleh pagar. Pagar yang ada yaitu pagar luar yang mengelilingi candi, dan pagar dalam yang membagi halaman-halaman candi.

Antara halaman candi dihubungkan dengan pintu gapura sebagai akses masuk ke halaman lain. Terdapat 10 gapura di Candi Kedaton, termasuk satu gapura utama. Gapura utama memiliki ukuran jauh lebih besar dari gapura-gapura lain. Ukuran gapura ini adalah 15,65 x 13,51 meter dan tinggi 3,45 meter.

Pada saat ditemukan, gapura ini berupa reruntuhan yang tertimbun tanah dan terdapat tiga makara. Dua makara di sisi selatan dan satu makara di sisi utara. Pada dua makara yang terletak di sisi selatan terdapat tulisan dalam bahasa Jawa Kuno dan ditulis dengan aksara “Kadiri Kuadrat” yang berasal sekitar abad XI masehi. Makara sisi selatan sebelah barat terdapat 2 baris tulisan dalam bahasa aksara Jawa Kuno dengan bunyi: [1]  || pamursitanira mpu ku [2] suma || 0 \ ~ dan makara sisi selatan sebelah timur terdapat tulisan dengan bunyi: · so nga ·

Gapura lain menghubungkan halaman utama dengan halaman-halaman lain yang ada di kompleks Candi Kedaton. Ukuran masing-masing gapura berbeda namun diduga gapura-gapura ini pada masanya dilengkapi dengan pintu. Ada empat gapura di barat, empat gapura di sisi timur, dan satu gapura di sisi selatan. Tiap gapura terhubung dengan halaman yang berbeda, sehingga untuk memasuki halaman-halaman tersebut, harus melalui halaman utama yang berada di tengah.