Pendirian Benteng Marlborough tidak lepas dari keberadaan Benteng York yang sudah digunakan sebelumnya. Benteng York didirikan di atas bukit di pinggiran muara Sungai Serut yang dikelilingi oleh rawa-rawa. Hal ini menyebabkan timbulnya berbagai penyakit menular antara lain disentri, kolera, dan malaria. Oleh karena keletakan Benteng York yang kurang menguntungkan bagi bangsa Inggris maka Inggris melakukan pendekatan kembali kepada raja-raja Bengkulu untuk mendapatkan lokasi baru untuk mendirikan benteng sebagai pengganti Benteng York. Hasilnya, Inggris mendapatkan lokasi baru yang lebih besar dan letaknya yang strategis diantara sebuah bukit kecil di pinggir pantai Tapalk Paderi. Pembangunan benteng ini dilakukan secara berlahap selama lima tahun, pembangunanya dikerjakan oleh arsitek dan para pekerja yang sengaja didatangkan dari India. Pemberian nama Fort Malborough adalah sebagai kenangan kepada seorang komandan militer Inggris bemama John Churchill yang terkenal sebagai ‘The First Duke Of Marlborough
Benteng Marlborough merupakan benteng pertahanan Inggris yang didirikan pada rentang tahun 1714-1718 dengan ukuran panjang 240,5 m dan lebar 170,5 m atau sekitar 44.100, m2. Selama pendirian tersebut tercatat nama-nama penguasa Bangsa Inggris di Bengkulu yaitu Yoseph Collet (1712-1716), Thiophilus Shyllinge (1716-1717), Richard Farmer (1717-1718), Thomas Coke (1718-?
Ketika benteng tersebut hampir selesai dibangun, rakyat bengkulu yang dipimpin oleh Pangeran Jenggalu menyerang Benteng Inggris yang mengakibatkan orang-orang Inggris lani ke Madras (india), penyerangan ini terjadi karena rakyat Bengkulu merasa dirugikan oleh pihak Inggris. Setelah keadaan aman, pemerintah Inggris yang diwakili oleh Gubernur Joseph Walsh datang kembali ke Bengkulu dan membuat perjanjian yang ditandatangani pada tanggal 17 April 1724 dengan pihak Kerajaan Sungai Lemau. Selain adanya serangan dari dalam (masyarakat pribumi) Benteng Marlborough juga mendapat serangan dari luar, pada tahun 1760 terjadi penyerangan terhadap benteng Marlborough oleh due buah kapal Perancis di bewah pimpinan Comte d’Estaing dengan 500 orang awaknya. Setelah ada perjanjian antera pemerintah Perancis dan Inggris di Perancis pada tahun 1763 pihak Perancis membantu memperbaiki kerusakan dan mengembalikan kepada pihak Inggris.
Dalam tahun 1807 terjadi suatu peristiwa bersejarah yang dikenal peristiwa Mount Fellix. Peristiwa ini merupakan gerakan sosial yang terjadi pada masyarakat petani sebagai protes terhadap sistem tanam kopi yang dipaksakan. Pada tanggal 23 Desember 1807 Thomas Parr dibunuh di kediamannya di Mount Fellix yang kemudian dimakamkan di Benteng Marlborough
Pada tanggal 17 Maret 1824 dilakukan suatu perjanjian antara pemerintahan kerajaan Inggris dan Belanda yang dikenal dengan Traktat London. Akibat dari adanya Traktat London tersebut maka daerah Bengkulu menjadi kekuasaan pemerintah Belanda sejak 1824-1942.
Kemudian ketika Jepang masuk ke Indonesia, Benteng Marlborough dikuasai oleh Jepang hingga masa kemerdekaan.
Setelah Indonesia merdeka pada tahun 1945 benteng Marlborough difungsikan sebagai fasilitas lembaga pemerintahan:
Tahun 1945-1949 Digunakan sebagai markas Polri
Tahun 1949 Fort Marlborough kembali dikuasai Belanda
Tahun 1949-1983 Dikuasai kembali oleh Pemerintah Republik Indonesia dan digunakan sebagai markas TNI-AD, KODIM 0407
Tahun 1983-1984: Benteng dipugar Pemerintah Republik Indonesia, melalui Departemen Pendidikan dan Kebudayaan.
Tahun 2004 Penetapan sebagai Cagar Budaya oleh Kepmenbudpar Nomor: KM.10/PW.007/MKP/2004
