Untuk mengatasi rembesan yang terjadi di Candi Mendut Balai Konservasi Borobudur melaksanakan penanganan kebocoran atap Candi Mendut. Penanganan dilakukan dengan pengecekan atap untuk mencari lokasi kebocoran dan mengaplikasikan mortar dan lapisan kedap air pada struktur atap candi.

Faktor cuaca yang sering berubah-ubah memicu berbagai permasalahan yang berpotensi menyebabkan kerusakan dan pelapukan. Air hujan yang masuk pada nat batu menyebabkan permukaan pada dinding dan bilik Candi Mendut menjadi lembab dan memicu tumbuhnya mikroorganisme.

Koordinator Kelompok Kerja Pemeliharaan Yudi Suhartono mengatakan bahwa kebocoran di Candi Mendut menyebabkan candi cenderung lembab dan berpotensi terjadinya pelapukan batu. Untuk itu dilakukan penanganan kebocoran atap Candi Mendut agar potensi kerusakan bisa di minimalisir.

Yudi menekankan bahwa dalam kegiatan penanganan kebocoran atap Candi Mendut menggunakan metode dan teknik yang berbeda dengan penanganan kebocoran di Candi Borobudur, karena Candi Mendut merupakan candi yang beratap dan memiliki bilik.