Hujan yang mengguyur Borobudur dan sekitarnya selama hampir 2 hari dan angin yang melanda Kabupaten Magelang mulai hari Rabu (4/03/2020) mengakibatkan sebuah pohon sonokeling di zona satu bukit jaten Candi Borobudur tumbang. Tumbangnya pohon tersebut sempat menutup akses jalan menuju ke pintu VIP dan bunker pemeliharaan. Diperkirakan tumbangnya pohon ini diakibatkan tidak kuatnya akar dalam menahan terpaan angin dan intensitas hujan yang tinggi.
Evakuasi pohon yang tumbang dilaksanakan pada Rabu malam hari itu juga oleh pihak P.T Taman Wisata Candi Borobudur, Prambanan dan Ratu Boko. Sisa-sisa pohon yang tumbang berupa daun, ranting, dan akar dievakuasi dan dibersihkan di lokasi yang sudah dipersiapkan. Batang utama yang masih dapat digunakan akan dilelangkan pada hari berikutnya.
Jumat pagi (06/03/2020) jam 8 pagi dibuka pendaftaran untuk lelang kayu sonokeling. Proses lelang kayu diserahkan ke pokja urusan Perlengkapan dan Rumah Tangga. Peserta lelang merupakan pegawai Balai Konservasi Borobudur sendiri. Setelah proses pendaftaran selesai, tepat pada pukul 9 pagi proses lelang dimulai. Harga dasar disepakati pada angka Rp. 15 juta dengan interval 500 ribu. Sekitar 16 peserta mengikuti proses lelang sampai didapat pemenang lelang yaitu sdr. Bendrat Sulistyo, staf kemanan Balai Konservasi Borobudur, di harga Rp. 22 juta. Sebanyak 10% dari harga lelang akan diberikan kepada pihak P.T Taman Wisata Candi Borobudur sesuai dengan kesepakatan awal dikarenakan proses evakuasi kayu sonokeling melibatkan pihak terkait.