Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP) adalah sistem pengendalian intern (SPI) yang diselenggarakan secara menyeluruh di lingkungan pemerintah pusat dan pemerintah daerah. Menindaklanjuti hal tersebut Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta juga mengeluarkan Surat Keputusan Kepala Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta tentang Penunjukan TIM Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP).
SK yang diterbitkan pada awal tahun dengan masa berlaku selama 12 bulan (tahun yang berlaku) dengan tugas TIM SPIP untuk melaksanakan pengawasan di instansi Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta dan menyelenggarakan fungsi diantaranya: Penyusunan Program Pengawasan; Pengawasan Kebijakan dan program; Pengawasan pengelolaan kepegawaian, keuangan, dan barang milik negara; Pemantauan dan pengkoodinasian tindak lanjut hasil pemeriksaan internal dan eksternal; Pendampingan dan review laporan keuangan; Pemberian saran dan rekomendasi; Penyusunan laporan hasil pengawasan dan; Pelaksanaan evaluasi hasil pengawasan.
TIM SPIP Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta beranggotakan 5 orang dari berbagai kelompok kerja, Salah satu program yang dilaksanakan untuk menjalankan tugas dan fungsi SPIP di museum adalah melakukan Evaluasi Pelayanan Pengunjung, evaluasi ini dilakukan secara berkala dengan penyebaran kuisioner yang diisi oleh 100 responden.
Pada bulan Juni 2019, survey dialakukan dari tanggal 20-29 Juni 2019 dan menghasilkan laporan yang dapat dilihat pada diagram berikut.
Dari beberapa point penilaian terdapat beberapa hasil yang beragam, nilai yang tinggi tidak membuat pengelola Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta bertinggi hati dan merasa aman, tetapi menjadi dasar untuk tetap mempertahankan mutu pelayanan tersebut, sedangkan nilai yang rendah dan kurang dijadikan sebagai cambuk untuk terus meningkatkan dan berubah kearah yang lebih baik
