Pulau Kokoya berada di Kabupaten Kepulauan Morotai, yang juga menjadi salah satu potensi cagar budaya bawah air. Berada pada koordinat 128°14’28.39″ BT dan 2° 1’19.72″ LU, perairan sebelah Timur Pulau Kokoya sekitar 1 mil dari garis pantai. Di kedalaman 38 meter dasar perairan didominasi oleh pasir berlumpur. Jarak pandang atau kecerahan perairan 5 meter dengan kondisi arus sangat kuat.
Menurut informasi nelayan pada lokasi ini kurang lebih di kedalaman sekitar 25 depa (30 meter) terdapat dua bangkai pesawat, namun karena arus kuat sehingga dalam penyelaman ini tidak di temukannya bangkai pesawat tersebut akibat posisi tali jangkar sebagai acuan dalam penyelaman bergeser sekitar 140 meter dari lokasi.
