Bogor (14/5) Terpilihnya Abdurrahman Wahid sebagai Presiden tahun 1999, Megawati terpilih menjadi Wakil Presiden mendampingi Abdurrahman Wahid meskipun dalam keadaan kekecewaan. Megawati sempat khawatir paska terpilihnya Abdurrahman Wahid namun dengan semangat nasionalisme anggota MPR dari PDIP segera mengurus pencalonan Megawati sebagai Wakil Presiden. Pada tanggal 21 Oktober 1999, Megawati terpilih dan dilantik menjadi Wakil Presiden.
Pemerintahan Abdurrahman Wahid tidak berjalan mulus. Saat Presiden Abdurrahman Wahid mengeluarkan Dekrit Presiden yang membekukan MPR, DPR, dan Partai Golkar pada 21 Juli 2001, berbagai kalangan menolak dekrit presiden tersebut. Dua hari setelah dekrit, Ketua MPR Amien Rais menggelar Sidang Istimewa (SI) MPR untuk meminta pertanggungjawaban presiden. Dalam SI tersebut mandat Presiden Abdurrahman Wahid dicabut. Wakil Presiden Megawati Soekarnoputri kemudian dilantik menjadi Presiden RI kelima.
Sejarah mencata beberapa kebijakan penting Presiden Megawati Soekarnoputri sepanjang tiga tahun pemerintahannya, antara lain ia membentuk Departemen Kelautan dan Perikanan, memerangi terorisme, menjaga integrasi bangsa, menghasilkan UU Kekerasan dalam Rumah Tangga, menetapkan kuota wajib 30% perempuan dalam Pemilu Legislatif (Pileg), menetapkan anggaran pendidikan 20% APBN, membentuk Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK), membentuk Mahkama Konstitusi (MK), Menyelenggarakan Pemilihan Presiden (Pilpres) secara langsung, melakukan reformasi hukum, menstabilkan perekonomian, dan menghentikan hutang luar negeri.