Museum Kebangkitan Nasional selalu dikaitkan dengan sejarah organisasi pergerakan Boedi Oetomo dan Sekolah Dokter Djawa atau Kedokteran Bumiputera yang lebih di kenal dengan sebutan STOVIA (School Tot Opleding Van Inlandsche Artsen) yang secara resmi dibuka pada 1902. Memang tidak salah kalau masyarakat berpandangan demikian, karena Boedi Oetomo merupakan organisasi yang dibentuk oleh para pelajar kedokteran tersebut, diantaranya yaitu Soetomo dan Wahidin Sudirohusodo.
Dikarenakan museum ini dahulunya merupakan sekolah kedokteran, tentu koleksi museum sebagian berupa benda-benda yang berhubungan dengan dunia kedokteran baik secara tradisional maupun secara modern. Sebelum adanya Dokter Djawa dan pengobatan modern, masyarakat Hindia Belanda hanya mengandalkan pengobatan tradisonal. Kemudian timbul banyak wabah penyakit yang menimbulkan korban jiwa cukup besar.
Antoine Keyser dalam Teaching and Tuition of Neurology and Neurosurgery in Indonesia During One Century 1850-1950 menyatakan bahwa akibat keterbatasan itu, epidemi penyakit menular mencapai skala cukup besar. “Sebelum mendapat perhatian pihak berwenang, hal tersebut menjadi penyebab tingginya angka kematian.”
Demi keluar dari situasi tersebut, Dokter Willem Bosch, kepala Dinas Kesehatan Umum Hindia Belanda, mengusulkan kepada pemerintah kolonial untuk membolehkan para bumi putera dididik menjadi dokter. Usulan itu semakin mendesak ketika terjadi epidemi penyakit di Jawa Tengah pada 1847. Menurut Bosch, para dokter bumi putera ini akan bisa menjadi tenaga kesehatan dan vaksinator di daerahnya masing-masing. Kemudian lulusannya kelak disebut sebagai Dokter Djawa, dan dapat menggantikan peran dukun tradisional.
Di awal pembukaannya, siswa Sekolah Dokter Djawa diprogramkan menempuh pendidikan selama dua tahun. Di tahun pertama mereka mempelajari dasar-dasar ilmu pengobatan, kimia, geologi, botani dan zoologi, anatomi dan psikologi, serta otopsi. Pada tahun kedua, kurikulumnya mencakup pembedahan dan operasi pada jenazah, patologi, anatomi penyakit dan terapinya, teori vaksin dan penyakit kulit, obat-obatan, serta praktik klinis. Banyak sekali ilmu ilmu terkait kedokteran modern yang diajarkan serta pemakaian alat-alat pratek kedokteran kepada para murid Dokter Djawa, adapun peninggalan alat alat praktek kedokteran masa STOVIA sebagian besar masih bisa dilihat di Museum Kebangkitan Nasional.
Salah satunya koleksi alat pemecah kepala yang merupakan salah satu koleksi yang sangat menarik perhatian para pengunjung museum, adapun fungsinya digunakan untuk memecahkan kepala pada mayat, kepala dipecahkan untuk diteliti penyakit apa yang diderita. Dahulu, alat tersebut digunakan oleh para pelajar STOVIA untuk dapat mempelajari isi kepala dan otak manusia karna otak manusia merupakan pusat utama organ tubuh manusia. Tidak diketahui keterangan tempat pembuat dan merk pembuat alat tersebut karna tidak terdapat di badan alat. Alat tersebut dibuat dengan teknik cetak serta memiliki ukuran dengan panjang 150 cm, lebar 63 cm dan tinggi 89 cm. Bahan dasar dominan pada alat tersebut adalah logam dengan warna hitam. Alat Pemecah Kepala terletak di ruang STOVIA II: Lahirnya Pendidikan Dokter Modern.
Alat pemecah kepala tersebut mememiliki tuas yang digunakan untuk menggerakan alat pemecah kepala menyesuaikan posisi dan fungsinya. Di bagian dalam alat terdapat sebuah tadah persegi Panjang yang tersambung dengan tadah yang berbentuk bulat, tadah tersebut memiliki lubang, tepat di bawah tadah bulat terdapat alat untuk menghancurkan kepala. Kepala yang sudah hancur ditempatkan di bagian bawah yang terdapat tadah berbentuk bulat juga. Kepala manusia yang sudah meninggal tersebut di tempatkan pada tadah bulat, tadah tadah itu tersambung oleh tuas, jika tuas itu di gerakan maka sebuah roda yang terletak di bagian depan alat akan berputar dan alat tersebut akan bekerja untuk memecahkan kepala
