Seperti cagar budaya yang lain, Situs Sangiran memiliki beberapa permasalahan dalam hal pelestarian. Perlu disadari bersama, kompleksitas permasalahan pengelolaan pelestarian Situs Sangiran tidak dapat diselesaikan secara menyeluruh oleh BPSMP Sangiran.
Banyak permasalahan yang tidak terjangkau melalui tugas dan fungsi BPSMP Sangiran. Oleh sebab itu, perlu penanganan yang baik dengan melibatkan berbagai pihak. Pengelolaan terpadu Situs Sangiran dicapai dengan dibuatnya naskah Management Plan untuk Situs Sangiran pada tahun 2017, yang merupakan hasil dari koordinasi stakeholder di Kementerian, Pemerintah Daerah Provinsi Jawa Tengah, Pemerintah Daerah Kabupaten Sragen, Pemerintah Daerah Kabupaten Karanganyar, dan masyarakat.
Walau perlu dilakukan kesepakatan yang lebih kuat lagi, naskah tersebut diharapkan mampu menampung keinginan pihak-pihak dalam hal pelestarian Situs Sangiran meliputi aktivitas pelindungan, pengembangan, dan pemanfaatan.
