Situs Ngebung memiliki sejarah panjang awal penelitian Situs Sangiran. Penemuan artefak batu berupa serpih dalam jumlah yang cukup besar pada tahun 1934 oleh GHR von Koenigswald merupakan tonggak awal penelitian sistematis di Situs Ngebung-Sangiran. Pada saat ini, tanggal 12 – 26 Februari 2014 Situs Ngebung kembali menjadi tempat penelitian tim Seksi Pengembangan Balai Pelestarian Situs Manusia Purba Sangiran. Selain untuk mengetahui persebaran temuan dengan survei permukaan, penelitian ini juga dilakukan dengan cara membuka kotak galian di beberapa lokasi. Dalam kaitan dengan perencanaan pembangunan museum di Klaster Ngebung, penelitian ini merekam dan mendokumentasikan seluruh data arkeologis yang berada di dalam tanah dan di permukaan sebelum dilakukan pembangunan museum.
Hasil yang diperoleh dari penelitian ini adalah penemuan sebanyak 23 fragmen fauna berbagai jenis, 16 buah batu yang memperlihatkan adanya bekas teknologi pembuatan, dan data perlapisan tanah di Situs Ngebung.
