Secara struktural Balai Pelestarian Nilai Budaya Yogyakarta dipimpin oleh Kepala Balai, dan dibantu oleh Kepala Subbag Tata Usaha yang mengurusi masalah administrasi, keuangan, dokumentasi, perpustakaan dan rumah tangga. Selain 2 jabatan struktural tersebut, ada kelompok jabatan fungsional peneliti yang bertugas melakukan penelitian masalah kesejarahan dan nilai budaya.
Peneliti
Kelompok peneliti di Balai Pelestarian Nilai Budaya Yogyakarta terdiri atas peneliti bidang sejarah dan bidang budaya. Para peneliti bertugas melaksanakan penelitian sesuai dengan kepakarannya dalam bidang kesejarahan dan nilai budaya.
Perpustakaan
Menyimpan kurang lebih 18.500 buku yang terdiri atas 16.200 judul buku tentang: sejarah, budaya, sosial, kependudukan, dan bahasa. Selain itu mempunyai koleksi naskah kuna tulisan tangan (manuskrip) berhuruf Jawa dan Arab sebanyak 400 naskah. Perpustakaan Balai Pelestarian Nilai Budaya Yogyakarta selain untuk mendukung kegiatan para peneliti di lingkungan Balai Pelestarian Nilai Budaya Yogyakarta juga terbuka untuk para pengunjung dari luar (masyarakat umum).
Dokumentasi
Kegiatan dokumentasi meliputi pendokumentasian dalam bentuk audio-visual (film video) peristiwa sejarah dan budaya antara lain pendokumentasian: upacara adat (upacara tradisional), kesenian tradisional, permainan tradisional, tokoh sejarah dan tokoh budaya. Koleksi rekaman audio-visual dalam bentuk: VCD, DVD, kaset video, foto dan slide.
