Ada dua versi tentang asal mula nama Jemaja. Versi pertama, menyebutkan bahwa Jemaja berasal dari Jam Raja. Dahulu pulau ini tempat istirahat raja-raja dari segala penjuru. Raja yang dimaksud disini bukan raja yang berdaulat/memerintah dari sebuah kerajaan, tetapi raja yang dimaksud adalah orang-orang yang kuat atau orang-orang yang disegani oleh masyarakat di daerah Jemaja. Ketika orang – orang kuat pergi ke pulau ini, jam yang dipakai salah satu dari mereka tinggal di pulau tersebut . Dari kondisi ini, disebut jam raja, yang artinya pulau tempat tinggalnya jam raja.
Versi kedua, menyatakan bahwa dahulu pulau itu tempat berkumpulnya para raja-raja (orang-orang kuat) untuk bermusyawarah apabila ada masalah atau kejadian pada warga masyarakat Letung. Dari kedua versi tersebut, akhirnya oleh masyarakat setempat di sebut dengan Jemaja dan sampai sekarang melekat menjadi nama Jemaja.
Jemaja dikenal karena keseniannya yang khas dan sudah ditetapkan jadi warisan budaya tidak benda (WBTB), yaitu Gubang Anambas. Gubang adalah seni tari dan musik tradisional masyarakat di Kecamatan Jemaja, Kabupaten Anambas. Mengenai kapan kesenian Gubang ini muncul tidak diketahui secara pasti, tetapi diperkirakan sudah berusia ratusan tahun. Kesenian Gubang hingga saat ini masih ditemui keberadaanya meskipun sudah banyak megalami perubahan, terutama dalam hal gerakan maupun kostum yang digunakan oleh pemainnya.
Kesenian Gubang menurut penuturan orang-orang tua di Kecamatan Jemaja, berasal dari sebuah permainan orang Bunian (makhluk halus) yang dilakukan pada malam hari hingga fajar menyinsing. Tujuan dilakukan permainan ini, adalah untuk acara ritual sebuah pengobatan pada orang Bunian. Kemudian kesenian ini berkembang menjadi sebuah kesenian masyarakat Jemaja.
Alfian, Budayawan Anambas meyakini Gubang Anambas yang berkembang di Jemaja dulunya merupakan kesenian khas Orang Suku Laut yang hidup disejumlah pulau yang ada di Anambas, seperti Pulau Mengkait. Dalam perjalanannya, mereka ada yang pindah ke Jemaja dan memeluk agama Islam. Orang Suku Laut menyebutnya masuk Melayu atau masuk Islam. **
