Perang Dunia II juga berdampak pada wilayah Batam dan sekitarnya. Tanggal 8 Februari 1942, Jenderal Tomoyuki Yamashita langsung memimpin menyerang tentara Sekutu di Singapura. Meski bala tentara lebih sedikit, dengan strategi penyerangan yang jitu dan cepat, Sekutu dibawah pimpinan Letnan Jenderal Arthur Ernest Percival dibuat tak berkutik. Sepekan kemudian, 15 Februari 1952, tentara Sekutu di Singapura menyerah pada Jepang.
Usai menguasai Singapura, Jepang bergerak cepat untuk menguasai wilayah semenanjung lainnya. Lokasi pertama yang diincar dan diduduki adalah Pulau Batam dan Pulau Sambu, yang wilayahnya tidak jauh dari Singapura. Peristiwa pendudukan Jepang di Batam dan Pulau Sambu diberitakan sejumlah surat kabar tanggal 20 Februari 1942 atau keesokan harinya.
Surat kabar Het volk, terbitan 20 Februari 1942 memberitakan peristiwa ini dihalaman utama dengan judul: Jepang Menduduki Batam. Dalam koran ini ditulis pasukan Jepang tanpa perlawanan dan tanpa kehilangan diri menduduki Pulau Batam dan Pulau Sambu yang berada di selatan Singapura. Pasukan Jepang mengambilalih 15 tangki minyak di Batam dan 20 tangki minyak di Pulau Sambu. Saat pasukan Jepang datang, kedua daerah itu dalam lautan api. Kobaran api dimana-mana. Pasukan Inggris melakukan bumi hangus sebelum meninggalkan daerah itu. Keberhasilan menduduki Batam, terjadi empat hari setelah berhasil mengalahkan Sekutu di Singapura.
Koran lainnya Haarlem’s Dagbalad tanggal 20 Februari juga memberitakan peristiwa penyerangan Jepang ke Batam ini di halaman utamanya. Mengutip kantor berita Jepang, Domei, diberitakan setelah pendudukan Singapura berakhir, pasukan Jepang tanpa pertumpahan darah menduduki Pulau Batam dan Sambu di Kepulauan Riau. Di Batam, Jepang berhasil menguasai 15 tangki minyak atau 1200 barel, dan 1500 butir peluru artileri. Sementara di Pulau Sambu, dikuasai 20 Tangki minyak. Pengelolaan minyak di kedua pulau itu dilakukan perusahaan bernama BPM dan Standar Oil.
Sebelum menduduki Batam dan Pulau Sambu, wilayah pertama di Kepri yang dikuasai Jepang adalah Tarempa (Pulau Tujuh). Tiga skuadron pesawat Jepang menyerang Tarempa 14 Desember 1941. Tarempa di Pulau Siantan sangat penting artinya karena letaknya strategis bagi pertahanan Belanda, karena itu pemerintah Belanda menempatkan stasiun radio yang dikepalai oleh orang Belanda sendiri di sana. Untuk mcnguasai daratan Riau (Sumatra) maka pulau ini haruslah terlebih dahulu direbut. Tarempa yang terletak di District Siantan di Laut Cina Selatan itu dihujani dengan bom disertai tembakan-tembakan gencar yang mengakibatkan banyaknya orang yang terbunuh . Serangan itu diulang kembali ‘pada tanggal 19 Desember 1941 yang diikuti oleh pendaratan pasukan Angkatan Laut Jepang pada tanggal 25 Januari 1942. Ketika Jepang menyerang Tarempa, staf pemerintahan Belanda di sana melarikan diri. Mereka berkumpul di Pekanbaru dan Siak. (Marleily,1983:85).
Usai menguasai Batam, Jepang tanggal 21 Februari 1942 menduduki Tanjungpinang. Kedatangan pasukan Jepang ke sana telah mendapat bantuan dari beberapa tokoh Cina di sana antara lain ialah Cia Sun Haw, Oei Cap Tek dan Cei Pit Sip. Fakta ini cukup menarik karena kedatangan Jepang justru tak mendapat penolakan dari masyarakat. Kedatangan Jepang di daerah ini disambut dengan hangat olch penduduk . Penduduk sungguh kagum melihat keberhasilan Jepang mengusir Belanda. Orang-orang Belanda yang sangat mereka takuti dan hormati selama ini ternyata tidak mampu mengadakan perlawanan sama sekali terhadap Jepang. Keadaan demikian melunturkan anggapan rakyat selama ini terhadap Belanda yang dianggap bangsa yang tak terkalahkan. Ternyata Belanda tidak berbeda dengan mereka yang juga mengenal rasa takut. Peristiwa itu besar artinya bagi pemupukan rasa percaya diri sendiri yang memperkuat kesadaran kebangsaan.
Pemerintahan Jepang di Kepulauan Riau berada di bawah kekuasaan Angkatan Laut Jepang di Syonanto (Singapura). Wakil Syonanto Kabitai (Datuk Bandar Singapura) di Riau ialah Residen. Pada awal masa pendudukan Jepang jabatan Residen Kepulauan Riau dipegang oleh seorang Jepang yang telah tua, bekas Corps elite tentara Kwan Tung bernama G.Yogi. Daerah Elaerahdaerah Districthoofd seperti Tanjungpinang, Tanjung Balai Karimun, Dabo Singkep dan Tarempa dikepalai oleh To Co. Sedangkan bekas onderdistricthoofd (Son) dikepalai oleh Sonco. **
