Mojokerto dahulu disebut sebagai Japan, merupakan pintu masuk delta Brantas sebelah barat yang sangat subur dan berada pada posisi strategis. Sungai Brantas sebagai salah satu urat nadi lalu lintas antar perekonomian menjadikannya sebagai lahan perebutan pihak dengan perbedaan kepentingan.
Salah satu upaya menjembatani perbedaan kepentingan adalah melalui pembagian daerah dalam perjanjian Giyanti tahun 1755 yang menyebutkan wilayah Mataram dibagi menjadi dua yaitu Kasunanan Surakarta dan Kasultanan Yogyakarta. Atas dasar pembagian tersebut, wilayah Japan (Mojokerto) dan Wirosobo yang masuk dalam wilayah Mataram juga terbagi peruntukannya. Wilayah Japan (Mojokerto) untuk Kasultanan Yogyakarta dan Wirosobo (Mojoagung) untuk Kasunanan Surakarta.
Perjanjian lainnya antara Hamengku Buwana III dan Gubernemen Inggris (Raffles) menyatakan bahwa Sultan menyerahkan Japan dan beberapa lainnya ke Inggris. Pada masa pemerintahan Raffles, Sunan Surakarta dan Sultan Yogyakarta bersekutu untuk melawan Inggris namun mengalami kegagalan. Sebagai hukumannya Sunan Surakarta dipaksa untuk menyerahkan daerah Wirosobo, Kedu, Pacitan dan Blora kepada Inggris.
Setelah pemerintah Inggris meninggalkan Indonesia tahun 1816 masa pemerintahannya beralih ke Belanda. Pada masa ini wilayah Wirosobo dan Japan disatukan kembali dengan Kabupaten Japan beralih menjadi Mojokerto dengan Wirosobo didalamnya.
Beberapa pendapat tentang perubahan nama Japan menjadi Mojokerto. Pendapat tersebut diantaranya dikemukakan oleh R.A.A Kromodjojo Adi Negoro dan J.F Niermeyer. R.A.A Kromodjojo Adi Negoro menyebutkan bahwa nama “Mojo” berasal dari nama desa Mojojejer dan didasarkan pada keserasian nama sesuai dalam Besluit no. 14/ 1838, tanggal 12 September 1838. Lain halnya J.F Niermeyer menyebutkan kata “Japan” kurang tepat untuk semangat kerja karena berarti “malas” dan akhirnya mengalami perubahan menjadi Mojokerto. Hal ini dimaksudkan sebagai penyemangat etos kerja di bidang pertanian/ perkebunan dan efisiensi administrasi pemerintahan.
Mojokerto dikenal sebagai nama sebuah Kabupaten sejak beberapa tahun lalu tepatnya berdasarkan keputusan Gubernur Jenderal Hindia Belanda pada tanggal 12 September 1838 No. 14 tentang perubahan Kabupaten Japan menjadi Mojokerto. Adanya pergeseran nama Japan menjadi Mojokerto tentunya terjadi pergeseran pusat pemerintahan. Japan merupakan sebuah desa yang berada sekitar ± 3 km sebelah selatan Mojokerto (kini) dan termasuk dalam wilayah kecamatan Sooko, namun berdasarkan data sejarah nama Japan sudah disebutkan dalam bukunya Raffles tahun 1817 “History of Java”. Selain Raffles, beberapa pakar sejarah seperti Schrieke, de Graaf dan Soekanto mengidentikkan Japan sebagai toponim Mojokerto. Salah satu sumber sejarah yaitu Kitab Negarakrtagama pupuh XVII/ 10 baris 1 menyebutkan bahwa Japan merupakan tempat pertama yang disinggahi raja Majapahit Hayam Wuruk dalam perjalanannya ke Lamajang, menyinggahi beberapa tempat di Jawa Timur dan tercatat ditemukannya banyak asrama dan candi. Ini berarti Japan pernah dijadikan sebagai tempat para pendeta dan menunjukkan kedudukannya sebagai kota lama dan pernah menjadi pusat administrasi kabupaten Japan. Dihubungkan dengan berdirinya kerajaan Majapahit oleh Raden Wijaya melalui pembukaan kawasan hutan “Tarik/ Trik”, kemungkinan sudah adanya Japan sebagai wilayah pedukuhan kecil yang akhirnya berkembang menjadi perkotaan dan sebuah kerajaan besar Majapahit.
Bahkan pada masa sebelum Majapahit diperkirakan telah ada pemukiman seperti yang tertuliskan pada beberapa prasasti yang menyebutkan adanya pemukiman di sebuah desa tidak jauh di sebelah barat Desa Tarik. Disebutkan pula Calon Arang mengerjakan kegiatannya di kubur Lemah Abang yang terletak dekat Trowulan. Pada masa berikutnya yaitu pada masa perjuangan kemerdekaan, Mojokerto dan Mojoagung masih berperan penting sebagai basis pertahanan terhadap agresi militer Belanda. Terlepas dari perubahan nama Japan atau Mojokerto, terbukti bahwa Kota Mojokerto sekarang merupakan bagian dari Japan di masa silam berkembang sebagai pusat administrasi pemerintahan. Demikian peran penting Japan (Mojokerto) sepanjang sejarahnya di masa lampau.
Lain halnya dengan proses terbentuknya Kabupaten Mojokerto, pemerintah Kota Mojokerto diawali dengan status Staadsgemeente berdasarkan SK. Gubernur Jenderal Hindia Belanda J. Van Limburgstirum dengan staatblad No. 324 tahun 1918 (tanggal 20 Juni 1918), dengan wilayah meliputi distrik kota yang dulunya termasuk dalam wilayah Regentschap Mojokerto. Pada masa pendudukan Jepang berstatus Sidan dan diperintah oleh Si Ku Cho dari tanggal 8 Mei 1942 – 15 Agustus 1945. Pada masa revolusi tahun 1945 – 1950 pemerintah kota Mojokerto dalam pelaksanaan pemerintah menjadi bagian dari pemerintah Kabupaten Mojokerto dan diperintah oleh wakil walikota disampin Komite Nasional Daerah. Daerah otonom kota kecil Mojokerto berdiri tahun 1950 berubah status sebagai “Kota” menurut UU No. 1 Tahun 1957. Dikeluarkannya UU No. 18 Tahun 1965 statusnya berubah menjadi “Kotamadya Mojokerto”. Berdasarkan UU No. 5 Tahun 1974 statusnya berubah menjadi “Kodya Daerah Tingkat II Mojokerto”. Terjadi perubahan kembali berdasarkan UU No. 22 Tahun 1999 tentang pemerintah daerah Kodya Daerah Tingkat II Mojokerto seperti daerah lain berubah nomenklatur menjadi “Pemerintah Kota Mojokerto”.
Berdasar data sejarah diketahui bahwa daerah ini telah mewarnai panggung sejarah Jawa Timur sejak masa Prasejarah hingga masa-masa sesudahnya. Penemuan manusia purba di daerah Perning, mempunyai nilai penting bagi wilayah Mojokerto sebagai hunian masa lalu (prasejarah). Pada masa Klasik, Mojokerto memegang peranan penting dengan adanya Kerajaan Majapahit yang merupakan kerajaan terbesar di Indonesia, yang tinggalannya tersebar di daerah Trowulan dan sekitarnya. Pada masa Kolonial, Mojokerto yang merupakan perubahan dari nama Kabupaten Japan yang wilayahnya meliputi Japan dan Wirosobo, memegang peranan yang cukup penting sehingga daerah tersebut disahkan sebagai karesidenan pada tanggal 19 Mei 1928. Sebagai daerah otonomi yang mandiri, tentunya banyak dibangun bangunan infrastruktur sebagai penunjang kegiatan pemerintahan maupun perekonomian, yang hingga sekarang masih bisa dilihat seperti bangunan perkantoran, stasiun, dan lain-lain. (Lap. Inventarisasi Kab.Mojokerto Tahap II)
