Balai Pelestarian Cagar Budaya Jawa Timur merupakan UPT dari Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia yang membidangi pelestarian benda cagar budaya di seluruh wilayah Provinsi Jawa Timur. Berdirinya Kantor Balai Pelestarian Cagar Budaya Jawa Timur ini ditempuh melalui perjalanan sejarah yang cukup panjang.
Upaya pelestarian benda cagar budaya sebenarnya telah dimulai sejak masa kolonial Belanda. Pada abad 18 telah ada upaya-upaya di bidang pelestarian walaupun masih dilakukan secara perorangan. Selanjutnya perhatian yang lebih besar di bidang kepurbakalaan dimulai pada awal abad 19. Pada masa ini telah dimulai kegiatan pendokumentasian, penelitian, penyelamatan, dan penerbitan buku-buku tentang kepurbakalaan. Satu diantaranya yang cukup penting sebagai sumber data di bidang sejarah kebudayaan termasuk kepurbakalaan yaitu buku ‘History of Java” yang ditulis oleh Thomas Stamford Raffles pada tahun 1817. Dalam bukunya ini Ia menyebutkan bahwa kepurbakalaan yang ditemukan di Trowulan merupakan peninggalan Kerajaan Majapahit.
Berbagai temuan kepurbakalaan mendorong Ir. WJ. Ijzerman pada tahun 1885 mendirikan ‘Archaelogische Vereneging’, sebuah lembaga swasta yang keberadaannya kemudian dilanjutkankan pemerintah Hindia Belanda dengan membentuk ‘Comissie in Nederlandsche Indie Voor Oudheidkundige Onderzoek Op Java en Madoera’ yang dipimpin oleh Dr. JLA. Branders. Karena pada saat itu situasi tidak kondusif, pada akhirnya komisi ini dibubarkan. Selanjutnya pemerintah Hindia Belanda dengan surat keputusan nomor 62 tanggal 14 Juni 1913, mendirikan ‘Oudheidkundige Dienst in Nederlansche Indie (OD)’ yang dipimpin oleh N.J. Krom. Namun pada masa Jepang, banyak data-data hasil kegiatan sebelumnya hilang dan musnah. Lembaga kepurbakalaan bentukan Belanda berganti nama menjadi Kantor Urusan Barang-Barang Purbakala dengan kantor pusat di Jakarta yang pada pertengahan tahun 1953 dipimpin oleh Drs. R. Soekmono.
Dengan SK. Menteri P&K No.118/62 tanggal 13 Desember 1962, terhitung mulai 1 Januari 1963, dibuka kantor cabang Mojokerto dengan nama DINAS PURBAKALA DAN PENINGGALAN NASIONAL SEKSI BANGUNAN DI TROWULAN di bawah pimpinan Drs. Soediman. Pada awal tahun 1968, dengan SK Presiden No.75 tanggal 03 Nopember 1966 menjadi DIREKTORAT PURBAKALA DAN SEJARAH, KANTOR WILAYAH III DI MOJOKERTO. Pada tanggal 29 Maret 1970, nama kantor berubah menjadi LEMBAGA PURBAKALA DAN PENINGGALAN NASIONAL KANTOR WILAYAH III MOJOKERTO berdasarkan SK No.015a/1970. Pada tanggal 13 Juni 1965 Drs. Soediman diganti oleh Drs.AS. Wibowo dan kantor dipindahkan ke Jl. Majapahit No.349 Mojokerto. Pada awal tahun 1968 dengan SK. Presiden No.75 tanggal 3 Nopember 1966 terjadi perubahan nama kantor dari LPPN Wilayah III menjadi DIREKTORAT PURBAKALA DAN SEJARAH, KANTOR WILAYAH III DI MOJOKERTO. Pada tanggal 29 Maret 1970 berdasarkan SK. No.051a/1970 nama kantor berubah kembali menjadi LEMBAGA PURBAKALA DAN PENINGGALAN NASIONAL CABANG III DI MOJOKERTO. Pada bulan April tahun 1973 terjadi pergantian pimpinan dari Drs. AS. Wibowo kepada Drs. Tjokro Soedjono. Pada tanggal 30 Juli 1979 nama kantor berubah menjadi SUAKA PENINGGALAN SEJARAH DAN PURBAKALA JAWA TIMUR yang bertempat di Jl. Raya Majapahit No. 141-143 Trowulan. Pada tanggal 7 Januari 1988 kepemimpinan dijabat Drs. M.Romli selama kurang lebih 5 tahun. Drs. Th. Aquino Soenarto menjabat mulai tanggal 14 Mei 1994 hingga akhir Mei 1999. Selanjutnya mulai tanggal 1 Juni 1999, dijabat oleh Dra. Umiati Nurudin Shoqib sebagai Wakil Kepala Sementara, dan secara resmi menjabat sebagai Kepala pada tanggal 2 Pebruari 2002.
Pada tanggal 21 Agustus 2002 nama kantor berubah menjadi SUAKA PENINGGALAN SEJARAH DAN PURBAKALA JAWA TIMUR WILAYAH KERJA PROPINSI JAWA TIMUR atau disingkat BP3 TROWULAN WILAYAH KERJA PROPINSI JAWA TIMUR. Pada bulan Pebruari 2004, Drs. Winston Sam Dauglas Mambo menjabat sebagai Kepala hingga bulan Nopember 2005, dan dilanjutkan oleh Drs. I Made Kusumajaya, M.Si. sampai tanggal 29 Januari 2009. Selanjutnya kepemimpinan dijabat Drs. Aris Soviyani, M,Hum sebagai Plt. Kepala BP3 Jawa Timur merangkap sebagai Ka. Subbag Tata Usaha. Pada tanggal 20 Juli 2012 nama kantor berubah menjadi BALAI PELESTARIAN CAGAR BUDAYA MOJOKERTO. Pada tanggal 3 Oktober 2012 secara resmi Drs. Aris Soviyani, SH.M.Hum. diangkat sebagai Kepala Balai Pelestarian Cagar Budaya Mojokerto. Sesuai dengan Permendikbud No.30 tahun 2015 tentang OTK Balai Pelestarian Cagar Budaya, nama kantor menjadi BALAI PELESTARIAN CAGAR BUDAYA JAWA TIMUR. Pada tanggal 6 Januari 2016 kepemimpinan BALAI PELESTARIAN CAGAR BUDAYA JAWA TIMUR dijabat oleh Andi Muhammad Said, M.Hum., yang serah jabatan dilaksanakan pada tanggal 21 Januari 2016.
