Pelapukan secara biotis adalah pelapukan yang disebabkan oleh adanya pertumbuhan jasad biotis, mikroorganisme. Beberapa pertumbuhan jasad biotis yang menyebabkan pelapukan adalah, alga, lumut kerak, lumut, tumbuhan tingkat rendah dan tumbuhan tingkat tinggi. Pertumbuhan jasad biotis ini selain mengganggu dari segi estetika juga dapat menurunkan kualitas material benda cagar budaya. Hal ini disebabkan karena beberapa jasad biotis tertentu mampu mengekresi asam oksalat yang dapat melarutkan unsur kalsium dalam bata atau batu, selain itu jasad biotis ini bila telah kering dapat membawa material bata/batuan. Beberapa pertumbuhan jasad biotis yang ada di Candi Kidal diantaranya :
- Lumut
Lumut merupakan tumbuhan pelopor yang dapat tumbuh sebelum tumbuhan lain tumbuh. Lumut dapat tumbuh pada batuan yang memiliki porositas yang tinggi dan pada bagian batu yang terdapat akumulasi tanah dan debu. Jasad biotis jenis lumut ini biasanya tumbuh pada cagar budaya yang berada diluar ruangan yang terkena sinar matahari dan hujan secara langsung.
2. Alga
Alga merupakan sekelompok organisme autrotof yang tidak memiliki organ dengan perbedaan fungsi yang nyata. Alga merupakan jasad biotis pioner artinya jasad biotis yang pertama kali ada sebelum jasad biotis lainnya. Habitat hidupnya pada tempat yang lembab yang terkena sinar matahari langsung. Dampak negatif yang ditimbulkan dari pertumbuhan jasad tersebut tidak hanya mengganggu secara estetisnya saja tetapi juga berupa kerusakan mekanis dalam bentuk keausan permukaan koleksi maupun pelapukan secara biokimiawi dalam bentuk pelarutan sebagian unsur-unsur bahan dasar yang digunakan.
3. Lichen
Lichen merupakan suatu organisme majemuk yang merupakan simbiosis mutualisme antara alga dan fungi. Lumut kerak mampu hidup pada suhu dan kelembaban yang ekstrim seperi gurun dan kutub. Lumut kerak sangat peka terhadap kualitas udara, oleh karena itu lumut kerak digunakan sebagai penunjuk adanya polusi udara. Lichenes memiliki kemampuan bertahan hidup pada kondisi kering dalam jangka waktu lama dan mampu tumbuh dimana jasad lain tidak dapat tumbuh.
Pertumbuhan lichen pada Candi Kidal banyak terdapat pada sisi barat dan pada sisi selatan khusunya pada bagian kaki. Pada bagian atap candi pertumbuhan lichen terdapat pada sisi selatan. Lichen yang ada pada Candi Kidal berupa lichen yang berwarna hijau dan kuning. Lichen ini merupakan tipe jasad biotis yang sulit dibersihkan.
4. Paku-pakuan (Pteridopyta)
Tumbuhan tingkat rendah merupakan jasad organik dengan batang semu dan berkembang biak dengan spora. Habitat pertumbuhannya adalah pada bagian benda batu yang kondisinya lembab dengan akumulasi debu dan tanah yang tebal. Tumbuhan ini sebetulnya tidak berbahaya, karena pada umumnya hanya tumbuh pada nat-nat atau bagian batu yang retak dan terisi tanah, sehingga mudah dicabut, sehingga dampaknya hanya pada segi estetis benda.
Pada Candi Kidal pertumbuhan jasad biotis ini banyak tumbuh pada nat-nat candi. Pertumbuhan Pteridopyta banyak dijumpai pada atap candi sisi timur dan selatan. Pertumbuhan jasad biotis jenis pteridopyta juga di temui pada nat candi pada bagian tubuh dan atap candi sisi barat.
