Pada tanggal 24 April 1924 R.A.A. Kromodjojo Adinegoro salah seorang Bupati Mojokerto, bekerjasama dengan Ir. Henry Mcline Pont seorang arsitek Belanda mendirikan Oudheeidkundhige Vereeneging Majapahit (OVM) yaitu suatu perkumpulan yang bertujuan untuk meneliti peninggalan-pennggalan Majapahit. OVM menempati sebuah rumah di Situs Trowulan yang terletak di jalan raya jurusan Mojokerto – Jombang km.13 untuk menyimpan artefak-artefak yang 
diperoleh baik melalui penggalian, survey maupun penemuan secara tak sengaja. Mengingat banyaknya artefak yang layak untuk dipamerkan, maka direncanakan untuk membangun sebuah museum yang tereaisasi pada tahun 1926 dan dikenal dengan nama Museum Majapahit.
Pada tahun 1942 museum di tutup untuk umum karena Mcline Pont ditawan oleh Jepang. Sejak itu museum berpindah-pindah tangan dan akhirnya dikelolah oleh Balai Pelestarian Cagar Budaya Mojokerto wilayah kerja Provinsi Jawa Timur. ugas kantor tersebut tidak hanya melaksanakan perlindngan terhadap benda cagar budaya peninggalan Majapahit saja, tetapi seluruh peninggalan kuno yang tersebar di wilayah Jawa Timur. Oleh karena itu koleksinya semakin bertambah banyak. Untuk mengatasi hal tersebut museum dipindahkan ke tempat yang lebih luas berjarak +2km dari tempat semula, namun masih di Situs Trowulan. Museum baru tersebut sekarang bernama Museum Majapahit namun masyarakat umum tetap mengenalnya sebagai Museum Trowulan.
Pada tahun 1999 koleksi prasasti peninggalan R.A.A. Kromodjojo Adinegoro dipindahkan dari Gedung Arca Mojokerto ke Museum Majapahit, sehingga koleksi Museum Majapahit semakin lengkap.
Mengingat kebutuhan akan informasi yang semakin lama semakin meningkat dari masyarakat tentang Majapahit, nama Museum Majapahit sempat mengalami pergantian nama dari Balai Penyelamat Arca, Pusat Informasi Majapahit dan yang terakhir menjadi Museum Majapahit BPCB Mojokerto wilayah kerja Provinsi Jawa Timur.
Walaupun terjadi perubahan, namun pada prinsipnya hal tersebut tidak merubah fungsinya secara signifikan, yaitu sebagai sebuah Museum dan Balai Penyelamatan Benda Cagar Budaya di Jawa Timur.
Koleksi Museum
Sesuai dengan sejarahnya, koleksi Museum Majapahit d dominasi oleh benda cagar budaya peninggalan Majapahit. Melalui peninggalan-peninggalan tersebut dapat beberapa aspek budaya Majapahit dapat dikaji lebih lanjut, seperti di bidang pertanian, irigasi, arsitektur, perdagangan, perindustrian, agama, dan kesenian. Keseluruhan koleksi tersebut ditata di gedung, pendopo maupun halaman museum. Berdasarkan bahannya koleksi Museum Majapahit yang dipamerkan dapat diklasifikasikan menjadi beberapa kelompok.
1. Koleksi Tanah Liat (Terakota).
a. Koleksi Terakota Manusia.
b. Alat-alat Produksi.
c. Alat-alat Rumah Tangga.
d. Arsitektur.
2. Koleksi Keramik.
Koleksi keramik yang dimiliki oleh Museum Majapahit berasal dari beberapa negara asing, seperti Cina, Thailand dan Vietnam. Keramik-keramik tersebutpun memiliki berbagai bentuk dan fungsi, seperti guci, teko, piring, mangkuk, sendok dan vas bunga.
3. Koleksi Logam.
Koleksi Benda Cagar Budaya berbahan logam yang dimiliki Museum Majapahit dapat diklasifikasikan dalam beberapa kelompok, seperti koleksi mata uang kuno, koleksi alat-alat upacara seperti bokor, pedan, lampu, cermin, guci dan genta, dan koleksi alat musik.
4. Koleksi Batu.
Koleksi Benda Cagar Budaya yang berbahan batu berdasarkan jenisnya dapat diklasifikasikan menjadi beberapa kelompok sebagai berikut: Koleksi Miniatur dan Komponen Candi, Koleksi Arca, Koleksi Relief, Koleksi Prasasti.
Sementara itu, koleksi Benda Cagar Budaya yang berbahan batu yang dimiliki oleh Museum Majapahit, juga terdapat alat-alat dan fosil binatang dari masa prasejarah.
sumber: mengenal kepurbakalaan MAJAPAHIT di daerah Trowulan – BPCB Mojokerto.
