Temuan ekskavasi yang ada di Situs Klinterejo hampir semua ditemukan pada lapisan tanah yang disturb atau sudah teraduk, jadi metode penggalian yang digunakan yaitu sistem lot. temua yang berada di lapisan tanah yang teraduk yaitu berupa ribuan fragmen-fragmen arca seperti fragmen kuncup dari padma dan ornamen hias arca yang berukuran sangat sesuai dengan stella. Sampai kedalaman 150 cm lapisan tanah yang terlihat berupa tanah urug dan terdiri dari beberapa lapisan tanah yang bercampur aduk dengan batu bata, kereweng dan juga pecahan-pecahan dari struktur batu-batu andesit. Dugaan sementara bahwa di situs telah dilakukan upaya penimbunan lebih dari satu kali.
