Gua Pertapan II terletak di Dusun Slawu, Desa Pucanganom, Kecamatan Rongkop, Kabupaten Gunung Kidul, Daerah Istimewa Yogyakarta pada titik koordinat 49L X: 0468670 dan Y: 9111345 dan ketinggian 338 mdpl. Gua ini terletak pada lereng bukit karst dengan jarak sekitar 7 meter dari kaki bukit dengan kemiringan lereng di atas 45 derajat. Batas-batasnya adalah sebagai berikut: di sebelah utara, selatan dan timur adalah bukit karst tempat gua tersebut berada, sedangkan di sebelah barat adalah lembah yang relatif yang merupakan ladang penduduk sekitar. Di depan mulut gua ditumbuhi oleh semak belukar. Gua ini terletak pada bukit yang sama dengan Gua Pertapan I, namun pada sisi bukit yang berbeda. Gua Pertapan I ini terletak pada sisi bukit sebelah barat.
Aspek morfologi. Gua pertapan II ini menghadap ke arah barat. Mulut gua relatif sulit dijangkau karena adanya tebing bukit setinggi kurang lebih 4 meter dengan posisi relatif vertikal. Oleh karena itu, tidak diketahui ukuran pasti kedalaman gua. Sementara itu, lebar mulut gua adalah sekitar 9,9 meter dengan ketinggian 8,4 meter. Tidak ditemukan temuan-temuan arkeologi lepas.
