Salah satu masjid kuno yang masih dapat ditemui beberapa bagian struktur bangunannya adalah bangunan Masjid Agung Pleret atau Masjid Kauman Pleret yang merupakan masjid kerajaan dari keraton Mataram Islam. Masjid ini didirikan oleh Susuhunan Amangkurat I atau Susuhunan Amangkurat Agung yang memerintah kerajaan Mataram dari tahun 1646-1677 Masehi. Keraton Pleret dibangun dengan berbagai fasilitas sebagai pusat pemerintahan, salah satunya adalah pembangunan sarana keagamaan, yaitu Masjid Agung Pleret.
Masjid Agung Pleret, saat ini terletak pada daerah yang ditandai dengan toponim Kauman. Toponim Kauman sendiri sekarang terletak di sebelah utara Pasar Pleret yang secara administratif terletak di Dusun Kauman, Desa Pleret, Kecamatan Pleret, Kabupaten Bantul, Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Situs ini secara astronomis berada pada koordinat 49 M X : 0434482, Y : 9130587.
Dua sumber sejarah yang menyebutkan informasi mengenai waktu pembangunan Masjid Agung Kauman Pleret adalah Serat Babad Momanadan Babad Ing Sengkala. Dalam Serat Babad Momana (salah satu sumber tertulis yang banyak menyebutkan peristiwa-peristiwa penting yang terjadi di Kerajaan Mataram Islam), menyebutkan bahwa Masjid Agung Kauman Pleret didirikan pada tahun 1571 J atau sekitar 1649 Masehi atau tiga tahun setelah Amangkurat I naik tahta (Suryanagara, 1865). Sedangkan Babad ing Sangkala menyatakan bahwa pendirian Masjid Agung Kauman Pleret terjadi pada bulan Muharram tahun 1571 Jawa (Adrisijanti: 2000).
Hasil Penelitian menyebutkan bahwa Masjid Kauman Pleret merupakan bangunan dengan luas 40×40 m dan yang tersisa hanyalah bagian pengimaman, dinding sisi utara yang di sisi tengahnya terdapat tangga dari bahan batu andesit, pada bagian timur terdapat bak air dan sumur serta temuan umpak dari batu andesit yang berjumlah 14 buah (Nurhadi dan Armeini, 1976).
Penelitian berikutnya dilakukan oleh Balai Arkeologi Yogyakarta berupa survei yang hasilnya melengkapi data dari penelitian sebelumnya. Pada tahun 2003, Dinas Kebudayaan DIY bekerjasama dengan Balai Arkeologi Yogyakarta, BP3 DIY dan Jurusan arkeologi UGM mulai melakukan penelitian secara intensif di situs ini dengan melakukan survey dan ekskavasi, sampai saat ini sudah dilakukan VII tahap penelitian. Penelitian tahun 2003 meliputi 2 tahap yaitu tahap I dan II. Penelitian tahap I menghasilkan temuan berupa pondasi dinding sisi barat, yang berada di sebelah utara dan selatan dari sisa struktur mihrab. Selain itu penggalian di sudut barat daya dan barat laut belum menemukan sudut pondasi dari bangunan masjid, hanya ditemukan fragmen dan runtuhan serta belum dapat digunakan sebagai acuan yang mengarah pada bukti bagian dari sudut bangunan masjid masa lalu (Tim Penelitian I, 2003).
