Gua Njero terletak di Dusun Tejo, Desa Pucanganom, Kecamatan Rongkop, Kabupaten Gunung Kidul, Daerah Istimewa Yogyakarta pada titik koordinat 49L X: 0469211 dan Y: 9111852 dan ketinggian 321 mdpl. Gua ini terletak di sebuah lembah yang dikelilingi tebing bukit kapur. Lahan pada lembah itu sendiri digunakan oleh penduduk sebagai lahan pertanian. Lahan dioleh oleh empat orang bersaudara, yaitu Pak Wardi dan ketiga adiknya. Akses menuju lembah itu sendiri relatif sulit karena kedudukan tebingnya yang relatif vertikal, terutama di sisi utara, selatan dan timur yang ketinggiannya sekitar 25 meter. Akses yang paling mudah menuju ke dasar lembah terdapat di tebing sebelah barat. Meskipun demikian, akses tebing itu juga relatif vertikal sehingga oleh pengolah lahan dibuatkan tangga dari kayu.
