Pada tahun 1632 M, Sultan Agung memerintahkan pembangunan makam baru, lokasinya terletak di sebelah selatan makam Giriloyo yaitu Gunung Merak kemudian dinamakan Pajimatan Imagiri. Babad Momana menyebutkan tahun 1554 Çaka sebagai awal pembangunan makam di Imagiri, “… awit babad maleh ing redi Merak badhe antakapura … “, (“… awal mulai pembuatan makam lagi di Gunung Merak…”). Nama Pajimatan Imagiri berasal dari gabungan dua suku kata yaitu jimat yang mendapat awalan pa- dan akhiran -an untuk menunjukkan tempat, sehingga mengandung arti dan makna sebagai “tempat untuk jimat atau tempat pusaka”. Sedangkan Imagiri berasal dari kata ima atau hima (berawan atau awan yang meliputi gunung) dan giri (gunung), sehingga mengandung arti dan makna “gunung berawan atau gunung yang tinggi” (PJ. Zoetmulder, 1995). Dengan demikian arti dan makna Pajimatan Imagiri yaitu gunung berawan atau gunung tinggi yang merupakan tempat bersemayamnya “jimat atau pusaka bagi Kerajaan Mataram”.
Dalam konteks ini Sultan Agung yang dimakamkan (sumare) pertama di tempat tersebut merupakan leluhur dan pusaka bagi dinasti Kerajaan Mataram. Tidak mengherankan setelah Sultan Agung wafat dan dimakamkan di Pajimatan Imagiri pada tahun 1646 M, kemudian para pangeran, bangsawan, dan keturunannya juga dimakamkan di tempat tersebut. Sebagai makam tempat leluhur atau pusaka Mataram, maka konsekuensi logisnya pada saat Kerajaan Mataram dibagi menjadi dua kerajaan, yaitu Kasunanan Surakarta dan Kasultanan Ngayogyakarta, tetap menjadi “harta suci” dua kerajaan tersebut. Artinya, bahwa Surakarta dan Yogyakarta mempunyai hak dan kewajiban melakukan pemeliharaan dan melestarikan makam tersebut.
Sejak Sultan Agung sampai generasi Kraton Surakarta dan Kraton Yogyakarta, keluarga dan kerabat kerajaan dimakamkan di Imagiri. Kompleks makam ini berdiri di atas sebuah bukit yaitu Bukit Merak. Di bawah bukit terdapat pemukiman para abdi dalem juru kunci yang bertanggung jawab atas keberlangsungan upacara-upacara serta pemeliharaan pemakaman kerajaan. Untuk mencapai situs pemakaman di puncak Bukit Merak yang tingginya sekitar 100 m di atas permukaan laut orang harus menapaki sekitar 410 anak tangga.
Secara garis besar makam Pajimatan Imagiri dibagi menjadi beberapa kelompok makam yang masing-masing disebut Kedhaton. Kedelapan Kedhaton tersebut adalah: 1) Sultan Agungan; 2) Pakubuwanan; 3) Bagusan/Kasuwargan 4) Astana Luhur 5) Girimulya 6) Kasuwargan 7) Besiyaran 8) Saptarengga . Kedhaton Sultan Agungan berada di tengah dan tempat yang paling tinggi. Kedhaton ke-3 sampai ke-5 adalah milik Kasunanan Surakarta sedangkan yang ke-6 sampai ke-8 milik Kasultanan Yogyakarta. Adapun Kedhaton ke-1, ke-2, dan Masjid Pajimatan menjadi tanggung jawab Keraton Yogyakarta dan Surakarta.(Himawan Prasetyo)