Gua Gunung Kubon secara administratif terletak di Dusun Ngasem, Desa Kemiri, Kecamatan Tanjungsari, Kabupaten Gunungkidul, Daerah Istimewa Yogyakarta. Gua Gunung Kubon berada pada koordinat UTM 49L, X: 0452585 dan Y: 9108961 dengan ketinggian 223 meter di atas permukaan air laut. Pintu Gua menghadap ke arah selatan. Gua menjorok tembus ke Song Pring Tali. Gua Gunung Kubon memiliki ukuran pintu belakang: lebar 1,1 meter dan panjang 2,9 m; pintu depan: tinggi 5,3 meter dan lebar 1,8 meter. Lebar ruangan dalam 11,60 cm dan tinggi 15 m, di dalamnya terdapat stalagtit dan stalagmit yang masih aktif, juga banyak ditemukan rahang hewan.
Masyarakat setempat menyebut Gua Gunung Kubon sebagai ”Pesanggrahan Wukiratawu”. Berada di tanah Sultan Ground. Vegetasi yang ada di belakang gua antara lain adalah pohon winong dan pohon kedhoya, sedangkan yang di depan adalah pohon winong, lat-ilatan dan kedhoya. Di sekitar gua banyak dijumpai luwak, monyet, ular, dan tokek.
(Sumber: Laporan Inventarisasi Gua dan Song di Kecamatan Tanjungsari, Kabupaten Gunungkidul Tahun 2012)
