Dalem Pakuningratan dibangun secara bertahap, atas perintah Sri Sultan Hamengku Buwana VII. Pertama kali didiami oleh Pangeran Purboyo (Putra Mahkota) yang kemudian naik tahta menjadi Hamengku Buwana VIII. Pada tahun 1912, GRM. Darajatun (Hamengku Buwono IX) juga dilahirkan di dalem ini.
Dalem Pakuningratan terdiri atas beberapa bagian bangunan baik yang ada di luar tembok maupun di dalam tembok. Bangunan yang ada di luar tembok yaitu montoran yang terletak di sebelah tenggara pintu gerbang (regol). Sedangkan yang di dalam tembok adalah kuncungan, pendopo, pringgitan, ndalem ageng yang terdiri dari sentong kiwo, sentong tengah dan sentong tengen. Di kanan kiri ndalem ageng terdapat bangunan gandok kiwo dan gandok tengen, serta terdapat bangunan paviliun, gadri, cekokan dan keputren. Pada bagian gandok dan pendopo dimanfaatkan sebagai fasilitas pendidikan.
Dalem ini secara keseluruhan masih mempertahankan bentuk arsitektur aslinya. Dalem Pakuningratan berada di Jalan Sompilan Ngasem No.12, Yogyakarta
