Sulawesi tenggara juga terkenal dengan kawasan gua-gua prasejarahnya, tersebar di Konawe Utara dan Muna.
Gua Anabahi
Potensi cagar budaya yang terdapat pada gua ini adalah lukisan dinding berupa cap tangan berwarna merah dan beberapa goresan berwarna hitam yang menyerupai kaki hewan, lukisan dinding tersebut sebagian besar menyebar pada dinding sebelah kiri terdiri dari empat panel dengan jumlah lukisan tangan sebanyak 22 buah dan gambar berupa goresan sebanyak empat buah. Pada dinding sebelah kanan hanya terdapat satu lukisan cap tangan berwarna hitam yang sudah mulai memudar, potensi lain berupa pecahan tulang yang ditemukan di sisi kanan permukaan tepatnya di atas bongkahan batu dan bekas-bekas tetesan air yang berasosiasi dengan pecahan keramik, temuan tulang terdiri dari Dental, Molar, Thoracic vertebratae, Femur,Phalanges, dan fragmen atas Cranium. Pecahan keramik berupa gerabah dan stoneware, yang diidentifikasi sebagai tempayan.
Gua Kabori
Tinggalan arkeologis yang ditemukan pada Gua Kabori berupa gambar berbagai bentuk yang terdiri dari beberapa panel. Sebaran gambar ditemukan mulai dari sisi kiri gua hingga sisi kanan dan di bagian atas mulut gua. Penggambaran figuratif yang dapat diidentifikasi antara lain manusia kangkang, hewan berkaki empat (rusa), hewan air (penyu), perahu, cap tangan, rakit. Selain itu juga ditemukan beberapa gambar non figuratif berupa garis tebal vertikal dan horizontal dan beberapa gambar yang tidak dapat diidentifikasi.