Sejarah Benteng Somba Opu tercatat baik dalam sumber sejarah lokal berupa lontara’ kerajaan yang merupakan catatan harian kerajaan maupun sumber sejarah asing yang pada umumnya berasal dari catatan Portugis dan Belanda. Mengacu pada berbagai sumber sejarah tersebut, setidaknya dapat diperoleh data perkembangan Benteng Somba Opu yang dapat dibagi dalam lima fase pembangunan. Kelima fase tersebut berlangsung mulai tahun 1525 hingga 1670 M.
Fase pertama pembangunan Benteng Somba Opu berlangsung pada masa pemerintahan Raja Gowa IX yang bernama Daeng Matanre Karaeng Tumapa’risi’ Kallonna (1511‐1547). Pada tahun 1525, Raja Gowa ini memerintahkan memasang tembok dari tanah liat di sekeliling Kota Somba Opu. Setelah itu, pusat pemerintahan Kerajaan Gowa yang semula berada di Benteng Kale Gowa dipindahkan ke Benteng Somba Opu.
Fase kedua berlangsung pada masa pemerintahan Raja Karaeng Tunipallangga Ulaweng (1547‐1565) yang menggantikan raja Daeng Matanre Karaeng Tumapa’risi’ Kallonna sebagai raja Gowa X. Pada masa ini dilakukan perkuatan struktur dinding benteng dengan bata. Selain itu, raja memerintahkan pendirian dewala dan benteng mulai dipersenjatai dengan sejumlah meriam. Benteng Somba Opu dipergunakan sebagai benteng utama sekaligus bandar niaga. Beberapa pemukiman pedagang Melayu dan perwakilan dagang Portugis telah didirikan di sebelah selatan Benteng Somba Opu.
Fase ketiga yang berlangsung pada masa pemerintahan Raja Gowa XII Karaeng Tunijallo (1565‐1590). Untuk memperkuat benteng, raja ini memerintahkan untuk memasang bata di sekeliling tembok Kota Somba Opu. Selain itu, sejumlah meriam ditambahkan pada benteng ini.
Pada Fase keempat, Raja Gowa XIV Sultan Alauddin (1593 – 1639) menyempurnakan dan memperkuat benteng Somba Opu dengan berpuluh-puluh meriam. Namun, pada masa ini pusat pemerintahan dikembalikan ke Benteng Kale Gowa dan Benteng Somba Opu hanya menjadi kota raja dan bandar niaga yang diurus oleh syahbandar. Perkembangan Somba opu menjadi bandar niaga yang semakin besar dan ramai, tidak lepas dari pengaruh jatuhnya Malaka ke tangan Portugis pada tahun 1511, sehingga kegiatan perniagaan bergeser ke timur.
Fase kelima perkembangan Benteng Somba Opu berlangsung pada masa pemerintahan Sultan Hasanuddin sebagai Raja Gowa XVI (1653-1670). Sultan Hasanuddin banyak melakukan penyempurnaan dan perkuatan bagian luar benteng ini. Ia juga memindahkan kembali pusat pemerintahan ke Benteng Somba Opu. Dengan demikian, benteng ini menjadi tempat kediaman raja sekaligus pusat pemerintahan dan perniagaan. Jika dilihat secara regional, Benteng Somba Opu dapat dikatakan berfungsi sebagai benteng induk atau benteng utama yang dikawal oleh beberapa benteng pertahanan Kerajaan Gowa lainnya yang tersebar di sepanjang pantai barat Sulawesi Selatan. Benteng yang sejak pertengahan abad ke‐16 telah menjadi pusat perdagangan dan pelabuhan rempah‐rempah yang ramai dikunjungi pedagang asing dari Asia dan kemudian juga pedagang Eropa menjadi semakin penting posisinya dalam perniagaan nusantara maupun internasional. Fase kelima ini merupakan fase terakhir karena setelah itu Benteng Somba Opu mengalami kehancuran akibat serangan Belanda yang dibantu oleh beberapa sekutunya pada akhir kekuasaan Sultan Hasanuddin.
Walaupun setelah penyerangan Belanda terhadap Benteng Somba Opu mengakibatkan kerusakan yang berat pada pemukiman dan pertahanan ini, tetapi selama beberapa saat setelah itu, Benteng Somba Opu masih digunakan sebagai tempat hunian. Hal itu terbukti dari adanya catatan sejarah yang menyebutkan seorang tokoh Gowa Matinroe ri Somba Opu meninggal di tempat ini pada tahun 1724. Selain itu, peta lama bertahun 1693 masih menggambarkan keberadaan Somba Opu. Perkembangan konstruksi Benteng Somba Opu juga dapat dilacak berdasarkan data arkeologi yang telah diteliti oleh sejumlah ahli. Dengan memadukan data sejarah dan arkeologi yang diperoleh tidak saja di Benteng Somba Opu, tetapi juga benteng pertahanan lain di sekitar Makassar, dapat digambarkan proses perkembangan atau evolusi teknologi konstruksi benteng di kawasan ini, termasuk Somba Opu.
