Benteng Nassau merupakan benteng pertama yang dibangun oleh Bangsa Belanda di Banda Naira. Dibangun pada tahun 1607 di bawah kepemimpinan Admiral Verhoef, benteng Nassau didirikan di atas bekas pondasi benteng milik Portugis yang pernah berkuasa di Banda Naira. Berbentuk segi empat dengan gerbang utama menghadap ke pesisir selatan Pulau Banda, tinggi dinding benteng mencapai 3 meter dengan tembok yang dibangun dengan batu karang. Sementara gerbang kedua berada di sebelah barat dari benteng.
Benteng ini dikelilingi oleh parit dengan lebar kurang lebih 4 meter yang juga terhubung dengan kanal yang menuju ke laut, tak jauh dari kanal terdapat dermaga untuk bersandarnya kapal-kapal VOC. Kanal tersebut diduga digunakan sebagai jalur bongkar muat barang dari kapal menuju benteng atau sebaliknya dengan diangkut oleh perahu kecil untuk menghemat tenaga. Terdapat empat bastion di setiap sudut benteng, bastion ini memiliki ciri khas dimana bentuk bastion menyerupai sebuah anak panah.
Benteng yang juga dikenal sebagai benteng air ini menjadi saksi dimana sejumlah “orang kaya” Banda yang ketika itu merupakan penguasa Banda dipenggal oleh samurai Jepang yang disewa oleh VOC di bawah pimpinan J.P. Coen karena tidak mau tunduk kepada VOC. Setelah kejadian tersebut orang pribumi menyerah dan melarikan diri ke pulau di luar Kep. Banda. Dengan dikuasainya Banda Naira oleh VOC, perdagangan rempah kemudian dimonopoli oleh VOC dan menjadikan Benteng Nassau sebagai pusat perdagangan, gudang penyimpanan, serta pemukiman dan kantor VOC (sebelum pindah di Istana Mini).
