Masjid Sultan Tidore dibangun pada tahun 1700 M dimana sudah mengalami beberapa kali pergantian terutama pada bagian atap. Pada awalnya masjid ini beratapkan alang-alang, kemudian atap alang-alangnya diganti dengan atap daun rumbia dan selanjutnya berganti menggunakan seng.
Walaupun bentuk arsitektur asli masjid diupayakan sesuai dengan aslinya namun penggunaan material masa kini membuat masjid terlihat berbeda. Keunikan yang dimiliki oleh masjid ini terdapat di bagian dalam yaitu lubang yang menyerupai jendela, dimana memiliki makna bahwa pada dahulu kala difungsikan sebagai tempat melihat arah kiblat.
Terdapat 4 pilar yang memiliki makna 4 khalifa yaitu Khalifa Umar, Abu Bakar, Usman dan Khalifa Ali. Corak dan bentuk arsitektur masjid dengan Kedaton Tidore memiliki kesamaan bentuk yaitu terletak dari bentuk kubah masjid yang bersusun tiga membentuk kerucut. Dilihat dari kubah masjid dimana pada bagian atasnya terdapat tiang yang menjulang tinggi mengandung filosofi hubungan manusia dengan penciptanya (RIPPDA Kota Tidore Kepulauan).
Riwayat pemugaran yang pernah dilakukan di masjid ini berdasarkan informasi di prasasti, yaitu :
- Renovasi pertama tahun 1725 – 1750 dengan atap daun alang-alang dan daun rumbia, disebut sigi palang karena beratap corak.
- Renovasi kedua tahun 1750 – 1884 dengan atap daun rumbia.
- Renovasi ketiga tahun 1884-1914 menggunakan atap seng (tahap I).
- Renovasi keempat tahun 1979 pergantian seng (tahap II).
- Renovasi total tahun 2006
(Foto : Feri Latief)
