Gua Binsari berada di Desa Sumberker, Distrik Samofa, Kabupaten Biak Numfor. Gua Binsari berada pada koordinat UTM 53 M X 0622973 dan Y 9869805. Gua Binsari, menurut cerita masyarakat, sebelum ditemukan tentara Jepang yang kemudian dimanfaatkan sebagai tempat persembunyian, merupakan tempat nenek moyang orang Biak melakukan hubungan dengan alam gaib. Dalam Bahasa Biak, disebut Abyab Binsari. Bin artinya Perempuan dan Sari, artinya tua. Jadi Binsari artinya perempuan tua, atau nenek. Menurut cerita yang berkembang di masyarakat, konon gua itu dihuni oleh seorang nenek tua dengan kemampuan mistik berhubungan dengan roh-roh halus.
Pada beberapa sudut Gua Binsari, terdapat sumber air bersih. Gua itu setelah ditemukan tentara Jepang, kemudian dibentuk sesuai dengan kebutuhan pertahanan. Penelusuran tim bersama pengelola gua itu, di dalamnya terdapat sejumlah bilik kecil sebagai tempat untuk beristirahat. Dalam gua terdapat tiga ruang besar yang dibentuk tentara Jepang untuk sejumlah kepentingan, masing-masing ruang dengan fungsinya dan terhubung satu dengan lainnya. Ruang I dijadikan gudang, tempat menyimpan bahan makanan, obat-obatan, peralatan perang, dan alat-alat komunikasi. Ruang II, dijadikan tempat merawat orang sakit, dan ruang III merupakan tempat yang dikhususkan bagi para perwira untuk melakukan rapat berkaitan dengan kepentingan perang.
Kendati berada di perut bukit karang, tentara Jepang berhasil membuat dua lubang dibawah sebuah pohon yang cukup besar yang berfungsi sebagai lubang angin atau ventilasi udara, sehingga orang yang bersembunyi di dalam gua itu tidak kekurangan oksigen. Gua itu memanjang dari timur ke barat sejauh 250 meter di Desa Sumberker, Kecamatan Samofa, tiga kilo arah timur Kota Biak. Dinding-dinding gua itu sekarang penuh ditumbuhi lumut, bahkan telah bermunculan stalaktit, akibat proses alami di gua itu. Lebar kawah yang menganga akibat pemboman mencapai 40 meter, sedangkan kedalamannya 25 meter.
Pada zaman pendudukan Jepang di Indonesia, Jepang memang memanfaatkan Gua Binsari untuk tempat persembunyian, perlindungan, dan juga tempat penyimpanan senjata. Menurut informasi, gua ini merupakan salah satu pertahanan yang sangat kuat bagi pasukan Jepang dan sulit sekali untuk ditembus oleh Sekutu. Pada bagian atas Gua Binsari terdapat lubang yang cukup besar sehingga membuat keadaan di dalam gua menjadi terang oleh sinar matahari, konon ceritanya lubang tersebut akibat serangan udara pesawat US, tepatnya pada tanggal 7 Juli 1944, pasukan US di bawah pimpinan Mc. Arthur menyerang gua Jepang yang menjadi tempat persembunyian tentara Jepang. Selain menjatuhi bom, pasukan Amerika, juga menjatuhkan drum-drum bahan bakar yang kemudian ditembaki dari udara. Hal tersebut membuat gua dipenuhi dengan api dan terjadi ledakan dahsyat berkali – kali. Saking dahsyatnya kebakaran tersebut berlangsung sampai berbulan-bulan. Dalam serangan tersebut 3.000 tentara Jepang terkubur dan tewas seketika.
Di kawasan gua ini juga terdapat museum yang berisi benda – benda bersejarah, peralatan dan perlengkapan perang tentara Jepang yang konon ditemukan di dalam Gua Jepang dan sekitarnya seperti peneng ( kalung dengan liontin yang terbuat dari logam biasanya berfungsi sebagai tanda pengenal ), helm, granat, pistol, dan lainnya. Situs Gua Jepang saat ini dikelola oleh Yayasan Binsari.
Untuk mencapai pintu masuk gua, kita harus menapaki anak tangga, dan lingkungan Gua Binsari dibuat menjadi sebuah taman yang dipenuhi benda-benda peninggalan perang dunia II yang sudah berkarat. Di bagian lainnya, benda-benda tersebut ditata seperti sebuah benteng pertahanan, dipajangi meriam. Baling-baling pesawat, berbagai jenis bom pesawat bahkan sisa-sisa pesawat tempur, bodi mobil jeep wilis tak ketinggalan menghiasi taman tersebut.
Terdapat trotoar yang dibangun di atas sebuah bekas jalan tentara Jepang dahulu memasuki gua itu. Trotoar ini dibangun oleh Pemerintah kabupaten Biak Numfor dan di ujungnya terdapat sebuah monumen. Pada monumen itu terdapat sebuah nisan bertuliskan huruf kanji dan tertera angka tahun 1956. Menurut informasi pengelola Gua Binsari, bahwa monumen itu dibangun oleh keluarga-keluarga para veteran perang dunia dari Jepang. Nisan itu dibuat dari marmer dan didatangkan khusus dari Jepang, dan monumen itu sebagai simbol untuk mengenang prajurit yang mati dan sebagai simbol untuk mengenang kekalahan tentara Jepang.
