Pada tanggal 19-25 Maret 2016, tim dari Balai Pelestarian Cagar Budaya (BPCB) Maluku Utara mengadakan Kegiatan Studi Kelayakan Pemugaran Benteng Middelburg di Desa Passo, Kota Ambon, Provinsi Maluku. Kegiatan ini bertujuan untuk menentukan kelayakan pugar dari kubu pertahanan yang dibangun pada tahun 1624 ini.
Langkah yang dilakukan dalam rangka memenuhi tujuan kegiatan terbagi menjadi beberapa tahapan. Pertama, yaitu penelusuran pustaka. Kegiatan ini berfungsi sebagai pelengkap data yang nantinya ditemukan di lokasi kerja. Kedua, yaitu pengumpulan data terkait fisik Benteng Middelburg. Data yang dikumpulkan adalah dimensi, batas-batas terluar, arsitektur, teknik pengerjaan, serta komposisi bahan. Ketiga, yaitu pengolahan data. Dalam tahap ini, semua data yang telah dikumpulkan dalam proses sebelumnya diramu untuk menghasilkan rekomendasi yang tepat bagi kelayakan pugar Benteng Middelburg.
Dalam tujuh hari penelitian, diperoleh kesimpulan bahwa Benteng Middelburg berada dalam kondisi yang memprihatinkan. Hanya tersisa satu dari empat sisi dinding. Dinding sisi timur yang masih tersisa pun nyaris roboh dan sudah mengalami kemiringan sekitar 12 derajat. Kondisi Benteng yang berdempetan dengan rumah warga juga menjadi tantangan tersendiri bagi tim dalam mengumpulkan data.
Dibutuhkan penanganan secepat mungkin guna melestarikan nilai sejarah yang terkandung di balik bangunan tersebut. Penanganan jangka pendek dapat dilakukan dengan mengkonsolidasi bagian-bagian yang rusak serta membuat penyangga untuk menopang dinding bangunan yang rawan runtuh. Penanganan jangka panjang yang dapat dilakukan adalah dengan melakukan kajian lanjutan untuk mendukung pelestarian Benteng Middelburg.
Benteng Middelburg dibangun oleh Bangsa Portugis. Belanda kemudian membangun kembali benteng ini pada masa Ingenieur Von Wagner. Penguasa Belanda yang selanjutnya memugar benteng ini pada tahun 1686 adalah Gubernur Robertus Padbrugge. Nama “Middelburg” dipilih atas prakarsa Padbrugge. Pada tahun 1921 Van De Wall, dalam perjalanannya untuk menginspeksi semua benteng di Provinsi Maluku dan Maluku Utara, menemukan bahwa Middelburg ada dalam kondisi tidak dihuni dan rusak berat. Benteng Middelburg pada masa VOC berfungsi sebagai tempat pemeriksaan “surat jalan” bagi nelayan atau pedagang yang ingin melewati terusan yang menghubungkan Teluk Ambon dan Teluk Baguala.