Temuan paling signifikan dalam ekskavasi penelusuran struktur Benteng Nassau yang dilakukan pada 19-29 Februari 2016 adalah sisa pondasi Bastion Timur Laut. Bangunan tambahan berupa proyeksi dari sudut benteng ini dirasa penting karena akan menjadi acuan pemugaran Benteng Nassau tahap dua. Sebelumnya, pemugaran tahap satu tahun 2015 berfokus pada dinding benteng sisi selatan, bastion tenggara serta bastion barat daya, dan parit. Inventarisasi pada 2010 menghasilkan asumsi bahwa benteng yang dibangun VOC sekitar tahun 1609 ini memiliki parit dan dinding keliling di setiap sisi. Pengupasan tanah yang dilakukan di Pulau Neira, Kecamatan Banda Neira, Kabupaten Maluku Tengah, Provinsi Maluku ini berhasil menjawab permasalahan tersebut dengan ditemukannya parit dan dinding sisi utara.
Dalam rangka memaksimalkan semua sumber daya yang ada, maka pekerjaan dipecah menjadi dua kelompok dengan spesialisasi tugas yang berbeda. Kelompok pertama bertugas untuk menemukan indikasi struktur dinding sisi utara serta dua bastion pengapitnya sedangkan kelompok kedua bertugas untuk menemukan indikasi struktur dinding parit yang difokuskan pada sisi utara. Total personil yang dilibatkan dalam kegiatan ini adalah 7 orang dan dibantu oleh 13 tenaga lokal. Secara keseluruhan, tim berhasil membuka 15 kotak yang dikerjakan dalam 7 hari penggalian.
Ada beberapa kesimpulan lain yang didapat dari hasil penggalian ini. Pertama yaitu menyangkut spesifikasi parit. Tebal puncak struktur dinding parit berkisar antara 40-50 cm. Parit yang ada di sisi selatan memiliki kedalaman 2,5 m. Kedalaman yang sama juga ditemukan pada parit sisi barat dan timur. Keseragaman ini tidak ditemukan pada parit sisi utara karena hanya memiliki kedalaman 1,5 m. Tim menduga bahwa penyumbang terbesar dari perbedaan kedalaman ini disebabkan oleh aktivitas pembangunan secara berkelanjutan yang terjadi selama berabad-abad.
Kedua, yaitu menyangkut spesifikasi dinding sisi utara. Komposisi struktur tersusun atas batu koral dan andesit yang direkatkan menggunakan bubuk kapur. Nama yang disebutkan terakhir didapat dari hasil pembakaran batu koral. Alas struktur menggunakan batu apung yang berfungsi untuk meloloskan air. Penggunaan materi semi permeabel merupakan hal yang lazim ditemui dalam konstruksi struktur benteng. Hal ini setidaknya diperlihatkan dari temuan di dua benteng lain yaitu Kastela dan Oranje. Kedua benteng ini terdapat di Pulau Ternate. Bedanya, bahan yang digunakan di Benteng Kastela yaitu pecahan genteng sedangkan yang digunakan di Oranje yaitu pasir pantai. Ketiga, ketebalan dinding sisi utara yang sama dengan sisi lain menghasilkan kesimpulan bahwa Benteng Nassau memang dirancang dengan bentuk simetris.
