Rumah pengasingan dr. Tjipto Mangoenkoesoemo terdiri dari tiga bangunan yakni bangunan utama dimana bangunan ini gunakan sebagai tempat tinggal dr. Tjipto, selain itu juga terdapat paviliun kanan di sisi timur dan paviliun kiri di sisi barat. Secara keseluruan bangunan ini bergaya hindis (campuran gaya eropa dan gaya lokal).
Dibagian teras depan dikelilingi oleh pagar yang terbuat dari beton dengan tinggi 50 cm, memiliki pilar di teras depan dengan gaya doria, plafon menggunakan papan kayu dan atap bertipe perisai tumpuk dengan menggunakan atap berbahan seng. Secara umum pintu dan jendela di bangunan utama dibuat berlapis, bagian luar biasanya mengunakan model “krepyak” dan bagian dalam berupa pintu dengan panel-panel kaca, jendela dan pintu semua terbuat dari kayu. Di atas jendela dan pintu terdapat sebuah ventilasi yang bermotif. Lantai terbuat dari terakota dengan ukuran 30×30 cm.
Bangunan utama terdiri dari 5 ruangan, yang salah satunya merupakan ruangan yang pernah digunakan sebagai kamar tidur dr. Tjipto. Pada ruangan tersebut masih tersimpan tempat tidur, peralatan dokter dan baju dokter dari dr. Tjipto, sedangkan ruangan lainnya tidak diketahui fungsi aslinya. Terdapat pula teras belakang dengan tiang-tiang tang terbuat dari kayu.
Pavilliun kanan atau paviliun timur, terdiri dari 2 ruangan, beratap menggunakan seng dan atap memiliki tipe perisai tumpuk. Tidak terdapat plafon karena telah rusak. Pada bangunan ini terdapat jendela yang memiliki jalusi yang terbuat dari kayu yang dipasang secara vertikal. Pintu dan jendela terbuat dari kayu dan lantai terbuat dari terakota. Pada paviliun kiri atau paviliun barat juga menggunakan atap seng dengan atap menggunakan tipe pelana. Pintu dan jendela juga berbahan kayu.
