Tim Ekskavasi BPCB Jatim bersama dengan Pemerintah Daerah Kediri melaksanakan penyelamatan berjalan selama sepuluh hari dari tanggal 6 September. Ekskavasi ini bertujuan untuk menampakkan struktur candi secara utuh. Dalam kegiatan ini berhasil dibuka tujuh kotak galian, namun karena keterbatasan waktu, kegiatan ini lebih difokuskan pada dinding sisi utara, barat, dan sebagian sisi timur.
Integrasi data arkeologi hasil ekskavasi dapat memberikan informasi mengenai beberapa aspek antara lain aspek religi dan aspek arsitektural Candi Klotok, yaitu bentuk, formasi ukuran dan arah hadap.
Candi Klotok berdenah persegi empat dimensi P : 7,5 m L : 7,5 m. Arah hadap candi ke barat mengikuti arah mata angin(konsep Kosmis) dengan menempatkan jalan masuk di sisi barat. Jalan masuk dilengkapi anak tangga beserta pipi tangga yang terletak di ujung selatan dan ujung utara struktur candi. Secara keseluruhan dinding struktur mengecil kebagian atas yang tersusun dari pelipit terbuka(ratta) dan pelipit sisi genta. Dinding tertinggi utuh dari selasar sekitar 180 cm yang tersusun dari 23 lapis bata tampak pada dinding sisi timur. Secara keseluruhan bentuk struktur candi yang tersisa berupa fondasi candi, kaki candi dan sebagian kecil struktur yang menyisakan badan candi. Temuan lain berupa pripih yang ditemukan di dekat sudut fondasi sisi barat laut pada kotak U2T2.
Konstruksi penyusun dinding struktur candi menggunakan bahan batu bata terdiri dari batu bata kulit (outerstone) dan batu bata isian(innerstone) pada bagian tengah. Batu bata kulit berupa susunan bata polos maupun berprofil yang menggunakan teknik rubbing( gosok) tanpa spesi, yaitu dengan cara mengosokan antar bata. Rata-rata bata-bata penyusun dinding struktur berukuran P : 38 cm – 40 cm L : 20 cm – 23 cm Tbl : 7 cm – 9 cm. (Nonuk Kris)
