Seperti rumah tradisional Jawa pada umumnya, rumah adat Kudus memiliki pembagian ruang berdasarkan fungsi. Berikut adalah beberapa ruang yang terdapat di Rumah adat Kudus.
Jaga satru merupakan ruangan terdepan yang berfungsi sebagai ruang penerima tamu dan dimaksudkan sebagai ruang untuk pelayanan publik. Pada ruang jaga sastru, bagian depan terdapat dua macam pintu yaitu pintu inep dan pintu sorong. Pintu inep merupakan pintu utama dari bahan kayu jati. Pintu sorong terdiri dari dua buah pintu dengan bagian luar lebih pendek berupa panil kisi yang disebut pintu kere. Sesuai dengan namanya pintu sorong tersebut menggunakan sistem geser. Pada ruang jaga satru biasanya terdapat satu atau dua buah tiang. Tiang tersebut terletak di depan pintu ruang tengah agak menyamping. Tiang tersebut berfungsi sebagai tiang penyangga atau disebut sanggah atau tiang keseimbangan. Ruang jaga satru dibatasi oleh panil kayu yang disebut gebyog dan beberapa pintu penghubung ke ruang yang lain. Gebyog pembatas dihias dengan ornamen ukiran dengan motif flora. Kerayaan ornamen menunjukkan status sosial pemilik rumah adat tersebut. Gebyog dapat dilepas sewaktu-waktu apabila akan memperluas ruangan. Di tengah-tengah gebyog terdapat pintu yang biasanya dibuka pada hari-hari tertentu pula. Selain itu juga terdapat jendela kecil yang dahulu digunakan untuk tempat mengintip keluar para gadis yang sedang dipingit dan hanya boleh keluar pada acara dandangan sebelum bulan Ramadhan.
Di belakang ruang jaga satru adalah ruang dalam atau griyo njero berupa sentong dan gedongan. Griyo njero biasanya mempunyai lantai lebih tinggi dari pada bagian jaga satru sehingga diperlukan tangga. Tangga berupa bangku berukir yang disebut ancik-ancik terdiri dari satu atau dua tingkat tergantung ketinggian lantai.
Pada griyo njero tersebut terdapat ruang gedongan merupakan bagian paling utama dari rumah adat Kudus. Gedongan berupa ruang kecil yang dibatasi panil kayu berukir, ukiran pada ruang gedongan kadang-kadang dihias dengan lempengan logam kuningan atau diberi warna emas yang memperindah bentuk ukiran. Letak gedongan lurus dengan pintu masuk sehingga tampak dari luar bila pintu gebyog terbuka. Gedongan berfungsi sebagai tempat tidur utama, untuk menyimpan harta dan juga sebagai pelaminan. Tidak semua orang boleh masuk ke gedongan karena sebagai ruang kehormatan dan sakral. Karena rumah adat tidak mempunyai kamar khusus untuk tidur keluarga, maka biasanya sebagai ruang tidur anak di depan gedongan yang diberi bale-bale atau amben yang difungsikan sebagai tempat tidur anak-anak. Sedangkan sebagai tempat penyimpan pakaian seluruh keluarga ada kotak kayu yang disebut grobog.
Di sebelah kiri griyo njero terdapat pintu yang menghubungkan dengan ruang pawon. Pawon ada dua macam yaitu pawon alit dan pawon ageng. Pawon alit berfungsi sebagai dapur, sedangkan pawon ageng berfungsi sebagai ruang keluarga.
Sumur dan kamar mandi terdapat di depan rumah berbatasan langsung dengan rumah tetangga. Kamar mandi dengan dinding terbuka sehingga orang lain dapat membersihkan di tempat tersebut. Secara filosofis sumur dan perlengkapannya dibuat di depan rumah karena setiap orang sebelum masuk rumah harus dalam keadaan bersih dengan membersihkan diri di sumur sehingga sumur dibuat di depan rumah.
Biasanya, atap bangunan rumah adat Kudus yang disebut pencu dihiasi dengan tembikar (genting dari tanah liat) dan di seoanjang bubungan terdapat nok tembikar yang bermotif tanaman. Atap ini melambangkan keindahan bentuk pegunungan.
