Gempa bumi pada tanggal 27 Mei 2006 di DIY dan Jawa Tengah tidak hanya merusak rumah penduduk dan beberapa fasilitas umu tetapi juga telah merusak bangunan-bangunan cagar budaya. Salah satu bangunan ini adalah Candi Sewu. Candi ini dibangun oleh Sri Maharaja Rakai Panangkaran, raja Mataram Kuna ketiga yang memeluk agama Buddha yang juga membangun Candi Borobudur, Candi Kalasan dan Can induk. di Plaosan. Gempa di pagi hari yang berlangsung hanya beberapa detik ini telah menimbulkan kerusakan pada candi yang telah terdaftar sebagai warisan dunia nomor 642. Kerusakan ini banyak terjadi di candi induk.
Setelah dilakukan pendataan kerusakan terdapat dua jenis kerusakan yaitu material dan struktural. Beberapa kerusakan material antara lain batu retak, pecah dan runtuh. Kerusakan struktural pada candi induk meliputi struktur bergeser dan menggelembung.
Segera setelah gempa terjadi, Balai Pelestarian Cagar Budaya Jawa Tengah melaksanakan langkah-langkah guna memulihkan kondisi bangunan candi. Langkah pertama adalah tanggap darurat. Dalam langkah ini dilakukan antara lain pengamanan area dan pembentukan tim tanggap darurat. Langkah selanjutnya adalah penyelamatan meliputi penanganan batu-batu yang runtuh, penanganan batu-batu yang lepas (dokumentasi, registrasi, identifikasi, dan pengelompokkan) dan penyimpanan batu runtuh ke tempat yang aman. Tidakan penyelamatan yang lain adalah pemasangan konstruksi penyangga pada tubuh candi induk untuk menghindari kerusakan yang lebih parah dan untuk menjamin keselamatan kerja.
Langkah berikutnya adalah dilakukan tindakan penelitian untuk merumuskan metode rihabilitasi. Kegiatan penelitian ini didukung oleh pemerintah Kerajaan Arab Saudi melalui Unesco Office Jakarata meliputi penelitian tanah, pengujian batu, penelitian struktur beton, dan evaluasi struktur menggunakan program komputer.
Selain kegiatan diatas Pemerintah Indonesia bersama Unesco juga menyelenggarakan International Expert Meeting untuk merumuskan metode rehabilitasi pasca gempa. Acara ini dihadiri oleh ahli dari Indonesia dan luar negeri. Salah satu hasil yang dicapai adalah Action Plan dalam rehabilitasi pasca gempa. Pada Action Plan ini telah membagi pekerjaan rehabilitasi berdasarkan prioritas di lengkapi dengan waktu pelaksanaan.
Tahun 2016 Balai Pelestarian Cagar Budaya Jawa Tengah telah selesai melaksanakan kegiatan yang tercantum dalam Action Plan. Dengan selesainya kegiatan rehabilitasi pasca gempa tidak menjadikan pekerjaan pelestarian di Candi Sewu selesai terutama pada kegiatan pemugaran.
