Malaka setelah runtuhnya Sriwijaya telah mengambil alih posisinya sebagai kota transit dagang. Samodra Pasai juga mulai tumbuh di Sumatra utara. Sunda Kelapa menjadi pelabuhan penting untuk pulau Jawa. Ketika Malaka di duduki Portugis 1511, Kedudukannya diganti oleh Sunda Kelapa dan Banten karena jalur perdagangan ke Indonesia pindah melalui
pantai Sumatra Barat, selat Sunda, dan transit di Banten.
Makasar juga merupakan kota transit barang-barang dagangan untuk daerah Indonsia Timur. Kota-kota daerah Maluku seperti Ternate dan Tidore menjadi pemasok barang dagangan. Kebanyakan kota-kota ini adalah kota pelabuhan yang mengekspor rempah-rempah yang menjadi komoditi primadona waktu itu. Sekaligus kota-kota ini juga menjadi kota kerajaan yang dipimpin oleh seorang raja, meskipun kebanyakan kemunculannya tidak dipengaruhi oleh peradaban Hindu namun telah berada pada tahap negara. Sehingga masyarakatnya juga memiliki struktur yang rumit.
Selain sebagai lokasi istana raja, di kota juga terdapat perkampungan yang di atur oleh kerajaan atas dasar profesi penduduknya. Warga di kampung-kampung ini dengan profesinya masing-masing melayani kebutuhan kota dan juga menyediakan barang-barang untuk di ekspor. Hingga saat ini lokasi perkampungan itu masih dapat diketahui berdasarkan nama-nama kampung yang masih digunakan. Seperti halnya di Kota Gede yang merupakan ibu kota kerajaan Mataram sekaligus terdapat beberapa kampung antara lain bernama Jagalan (tempat penyembelihan hewan untuk konsumsi warga kota), Sayangan yang berarti
kampung para pembuat barang-barang tembaga dan Pandean yang merupakan kampung yang dahulu tempat tinggal para pembuat peralatan dari besi.
Karajaan Mataram Islam mempunyai ibukota atau kota kerajaan di pedalaman, Namun demikian memiliki kota-kota pelabuhan penting seperti Japara dan Gresik yang menjadi pengekspor beras dari pedalaman. Setelah dikuasai Belanda Mataram dibagi menjadi Kasunanan Surakarta dan Kesultanan Yogyakarta. Selanjutnya masing-masing dipecah lagi menjadi Kasunanan Surakarta dan Kadipaten Mangkunegaran serta Kesultanan Yogyakarta dan Kadipaten Paku Alaman.
