Bangunan Gereja Kristen Jawa (GKJ) Margoyudan sekalipun lebih dekat dengan kehidupan Komunitas Kristen Jawa, tetapi secara arsitektural masih dengan jelas menampakkan jejak sebagai bangunan kolonial. Bangunan ini mempunyai sejarah yang unik selaras dengan kondisi sosio-kultural yang dipegang teguh oleh Kerajaan Kasunanan Surakarta pada abad XVIII. Gereja GKJ Margoyudan didirikan pada 1916. Perkembangannya dirintis melalui kegiatan rohani Kristen yang awalnya berada di bangunan milik seorang Belanda bernama Stegerhoek yang berupa bengkel kerja. Kemudian perkembangan komunitas rohani ini terwujud dalam bentuk pendirian sekolah Kristen pada 1909 atas prakarsa Dr. D. Bakker Sr. Untuk selanjutnya di sekolah itulah ibadah dan proses pendidikan dilakukan. Karena terpengaruh oleh Komunitas Kristen Jawa di Yogyakarta yang telah berhasil mendirikan Rumah Sakit Zending bernama Petronela Hospital pada 1897 ( sekarang RS Bethesda ), kaum Zending Surakarta berhasil mendirikan Zending Hospital pada 1912. Sejak berkembangnya pengaruh Zending di Surakarta, maka Komunitas Kristen Jawa selanjutnya berhasil menghimpun diri membentuk sebuah majelis dan meresmikan berdirinya Gereja Kristen Jawa pada 30 April 1916. Akibat perkembangan umat yang semakin banyak maka atas peran Pendeta Dr. H.A. van Andel diusahakan pembangunan gereja yang direncanakan mampu menampung umat sebanyak 400 orang. Gedung Gereja itu dibangun di tempat bengkel milik Stegerhoek dan secara resmi dibuka pada 1921 (sekarang Jalan Wolter Monginsidi). Keberadaan GKJ Margoyudan akhirnya mengilhami perkembangan Komunitas Kristen Jawa di Kota Surakarta maupun daerah di luar kota. Wilayah yang terilhami antara lain Sragen, Wonogiri, Delanggu, Kartasura, dan Karanganyar.
