Goa Pondok Batu terletak pada koordinat S3 180 41.2 E 1020 53 24.8, dengan tinggi 174 m dari permukaan laut. Berdasarkan informasi yang didapat dari penduduk sekitar, goa Pondok Batu dahulunya merupakan tempat persembunyian pejuang kemerdekaan dan pernah di bom oleh Belanda pada kisaran tahun 1920an.
Akses menuju Goa Pondok Batu dapat ditempuh dengan melewati jalan setapak yang menghubungkan jalan desa denganSungai Kelero. Jalur yang dilalui adalah menyusuri aliran sungai Kelero yang airnya tidak terlalu deras dan di dasarnya banyak terdapat batu-batu andesit. Berada tidak jauh dari sungai, sekitar 400 meter Gua Pondok Batu dapat dijumpai pada tebing aliran sungai Kelero. Jalan menuju ke mulut gua melewati tanah yang mendaki tidak terlalu terjal. Bagian depan/muulut gua Pondok Batu termasuk tipe gua horizontal. Dengan tipe mulut gua semacam memundahkan pengunjung untuk mengakses ke dalam gua dibandingkan dengan tipe gua vertikal.
Anatomi gua Pondok Batu ini melebar pada bagian mulut gua kemudian menyempit pada bagian dalamnya. Menurut informasi aparat setempat pada bagian dalam gua Pondok Batu terdapat ruang-ruang yang terhubung dengan satu dengan lainnya.