Museum Zoologi berada di dalam kawasan Kebun Raya Bogor dengan alamat Jl. Ir H. Juanda no. 9. Bangunan ini mempunyai fungsi yang sama dengan fungsi awal didirikannya bangunan yaitu sebagai museum.
Sebelumnya museum ini menghadap ke arah tenggara, yakni di Jalan Ir. H Juanda. Namun saat ini museum menggunakan akses masuk bagi pengunjung melalui bagian utara bangunan seiring dengan peningkatan keamanan museum yang berada di ring 1.
Bangunan museum memiliki façade simetris dengan jejak jendela berjumlah empat di kanan kiri pintu berupa fronton, yaitu hiasan berbentuk segitiga di atas jendela. Bidang jendela berjumlah delapan pada saat ini difungsikan untuk menempatkan poster koleksi Museum Zoologi serta beberapa bagian digunakan untuk lubang exhaust fan. Selain itu terdapat ornament pilaster berjumlah enam buah yang dicat biru demikian juga dengan delapan fronton jendela dan fronton pintu utama. Pilaster-pilaster tersebut dihiasi dengan kepala (capital) dan landasan (base).
